東西冷戰(zhàn)了170年后的未來，世界被分為東部和西部二個(gè)對立面。經(jīng)?；ハ鄬χ牛幱跇O度的緊張狀態(tài)。在那樣的狀況中，設(shè)立了秘密諜報(bào)組織“Zero zero機(jī)關(guān)”，組織以00號碼稱呼著間諜部隊(duì)中的人工控制機(jī)械人。
　　主人公ミレーヌ·ホフマン 屬于00號碼間諜“9小組”的女性人工控制機(jī)械人。代號009-1的她美麗的身體中包藏著許多秘密兵器，并賭上性命進(jìn)行著諜報(bào)活動(dòng)。

　　故事發(fā)生在一個(gè)名為“童話王國”的魔法世界之中，替這個(gè)世界供給能量的，是漂浮在天空上的幸福之星。糟糕的是，近日里，幸福之星接二連三的消失了，如果這樣的情況繼續(xù)下去，那么童話王國總有一天會(huì)消失不見。為了避免這樣的情況發(fā)生，女王決定派出三個(gè)魔法寵物前往人間，他們要找到有資格成為偶像公主的三名少女，委托她們幫助童話王國收集幸福之星。這三人便是雪森蘋果、高城蕾拉和笹原名月。                                    
                               　　在魔法的加持之下，三名少女得以暫時(shí)擁有長大成人的模樣，她們通過她們的歌聲和舞蹈給人們帶來幸?？鞓罚?yàn)樽兩砭S持的時(shí)間非常的短暫，所以她們也被人們稱為“謎一樣的美少女偶像公主”。                                    

　　本片根據(jù)IDEA FACTORY于08年9月發(fā)行的PS2女性向戀愛冒險(xiǎn)游戲《薄櫻鬼——新選組奇譚》改編。                                    
                               　　動(dòng)亂的幕末時(shí)期，雪村千鶴是在江戶長大的蘭學(xué)醫(yī)者雪村綱道的女兒.父親綱道原本應(yīng)該是與女兒分開后在京都工作的。可是父親突然神秘失蹤，因?yàn)槁?lián)絡(luò)不上父親而擔(dān)心的千鶴決定女扮男裝前往京都探訪。在那里，她所看見的是，與饑渴地尋求鮮血的妖怪所戰(zhàn)斗并制伏他們的新選組的隊(duì)士們。千鶴與新選組結(jié)下了奇妙緣分，并因緣際會(huì)之下加入了新選組。在搜索失蹤父親的主人公面前，出現(xiàn)了神秘的刺客們，逐漸明朗化地新選組的秘密——羅剎的存在。                                    
                               　　在狂暴的時(shí)代中，在幕末爭斗的背后,胸中揮舞著理想與信念之刃的男人們，與黑暗的戰(zhàn)斗也拉開了序幕....

　　22 歲的軟件開發(fā)者薩姆·楊自幼便是狂熱的游戲愛好者。學(xué)生時(shí)代全身心投入游戲開發(fā)，終于推出了醞釀已久的冒險(xiǎn)解謎游戲《Luminate》！然而，當(dāng)超人氣游戲主播馬歇爾·勞給出惡評后，她作為游戲開發(fā)者的前途驟然黯淡。更意外的是——馬歇爾竟搬到了她隔壁！
　　隨著與馬歇爾的相遇，薩姆與公司上司查爾斯·瓊斯、發(fā)小兼常去咖啡館的員工林肯·哈德森等人的關(guān)系也逐漸發(fā)生變化。在父母過度保護(hù)下長大、戀愛經(jīng)驗(yàn)為零的薩姆，面對與男性突如其來的親密接觸不知所措，卻也開始慢慢打破心防。
　　這場以人生為賭注的終極挑戰(zhàn)——薩姆能否成功通關(guān)?。?/p>

　　城市中出現(xiàn)了來歷不明的光病毒。SRC中的Eyes隊(duì)成員為要確認(rèn)光源搜尋至鏑矢島，遇上了對怪獸充滿愛心的預(yù)備飛行員春野武藏。此時(shí)，光病毒入侵怪獸力特里亞斯體內(nèi)，力失控，Eyes準(zhǔn)備向力發(fā)動(dòng)攻擊，武藏決要阻止，危急中，超人高斯終於回來。

　　神崎堇因?yàn)殪`力喪失決定退出花組，回到神崎重工。

　　第一幕「華都花之軍」
　　太正８年的春天，為了應(yīng)付即將爆發(fā)的降魔之戰(zhàn)，帝國陸軍的米田一基提案組織帝國華擊團(tuán)，而藤枝菖蒲則奉命前往世界各地尋找能夠成為隊(duì)員的超能力者。此時(shí)，真宮寺完全不知自己的命運(yùn)即將改變，仍在故鄉(xiāng)仙臺持續(xù)練習(xí)著劍術(shù)…。
　　第二幕「在櫻花中展放吧，神劍」
　　為了保衛(wèi)帝都不受降魔的侵襲，紅蘭、瑪莉亞、環(huán)奈、愛莉絲等四人在總司令_米田的號召下，加入了帝國華擊團(tuán)。然而，等待著他們來挑戰(zhàn)的并非軍事訓(xùn)練，而是為了能登上「大帝國劇場」的花舞臺，所進(jìn)行的舞蹈及發(fā)聲練習(xí)；原來這是米田為了隱藏帝國華擊團(tuán)的存在而想出的奇特點(diǎn)子。接著，帝國華擊團(tuán)為了補(bǔ)強(qiáng)戰(zhàn)力，找來了神崎重工會(huì)長的孫女—菫加入陣容，但因?yàn)榍灥膽B(tài)度非常高傲，使得環(huán)奈對她十分不滿，好不容易就要建立起來的團(tuán)隊(duì)默契，眼看著又陷入了撕裂的危機(jī)…。另一方面，真宮寺櫻決定前往東京，她在出發(fā)前得到了一本記載著真宮寺家祖?zhèn)鞯谋背揭坏秺W義流的書卷，櫻是否能領(lǐng)悟出這本奧義中所記載的劍術(shù)呢？
　　第三幕「春天三月，首次登場」
　　帝國華擊團(tuán)在經(jīng)過一番波折后，終于正式開始運(yùn)作，而花組的成員為了消滅徘徊于帝都的降魔，也展開了一連串的作戰(zhàn)。此時(shí)，大帝國劇場的舞臺揭幕了，用來掩護(hù)華擊團(tuán)的另一個(gè)身分——「帝國歌劇團(tuán)」，其公演也陸續(xù)開始。櫻雖然順利加入了帝國華擊團(tuán)，但卻在駕駛光武的演習(xí)中發(fā)生失控，導(dǎo)致她只能在舞臺邊落寞地欣羨瑪莉亞等人的演技，此刻花組的其它成員也無法接受櫻的加入，隊(duì)內(nèi)氣氛頓時(shí)變得很僵。身兼隊(duì)長的瑪莉亞由于無法負(fù)荷每天的密集行程，于是向菖蒲提出了卸下隊(duì)長職務(wù)的要求。某日，瑪莉亞在目睹櫻獨(dú)自練習(xí)唱歌的情景后，覺得櫻擁有很大的潛能，于是決定讓她在下次的公演登場，可是菫卻對瑪莉亞的這項(xiàng)決定感到非常不滿，因而大發(fā)雷霆…。
　　第四幕「仲夏夢之夜」
　　歷經(jīng)數(shù)場的戰(zhàn)役之后，花組隊(duì)長大神一郎漸漸地得到其它隊(duì)員的信賴。不過，大神為了應(yīng)付這幾個(gè)非常有個(gè)性的隊(duì)員，每天都費(fèi)盡了心思，身心的疲憊也因此達(dá)到了最高點(diǎn)。某天，當(dāng)大神在執(zhí)行夜間巡邏任務(wù)時(shí)，湊巧看見獨(dú)自一人在練習(xí)劍術(shù)的櫻，大神對櫻說：「我很羨慕你們能夠?yàn)槿藗儙韷粝搿?；其?shí)櫻最近早就覺得大神很沒精神，在聽到這番話之后，為了激勵(lì)大神，于是反過頭來要求他企劃一場由花組全體登臺表演的歌劇。這場由大神負(fù)責(zé)指揮的歌劇是否能順利演出呢？

　　千萬年來，古老而神秘的龍族在中土大陸繁衍生息。然而，神界的光魂與暗魂之爭，也將龍族牽連其中。龍族陷入殘酷的內(nèi)亂，甚至面臨滅族之危。絕望時(shí)刻，出走已久的東海王子敖雪強(qiáng)勢歸來，欲解救龍族于危難之中。

　　自西元20XX年，人類從肯亞圖爾卡納湖的湖畔挖出了一個(gè)名叫索哈爾(Zohar)的物體之后，便開始對它進(jìn)行研究，后來有人重建出來所謂的“神之語言”，并建立電腦程式以啟動(dòng)原始索哈爾，進(jìn)行和上位領(lǐng)域的U-DO(上位領(lǐng)域當(dāng)中的紅色波動(dòng)存在)連結(jié)的連結(jié)實(shí)驗(yàn)，但很不幸地，從上位領(lǐng)域流入下位領(lǐng)域的能量造成了事象變移，使地球(游戲中所謂的“失落耶路撒冷”)幾乎完從從宇宙中“消失”，人類因而被迫逃亡，離開地球。
　　到了四千年多后，在故事開始前十五的T.C.4753年，米爾奇亞行星(Miltia)爆發(fā)了所謂的米爾奇亞沖突事件，在此次事件當(dāng)中，米爾奇亞行星的人類疑似遭到了格諾西斯(Gnosis)的攻擊，并在沖突事件后消失，但事件的真相卻因?yàn)槊谞柶鎭喌南Ф粸槿酥?。在事件后，啟?dòng)原始索哈爾（后來人類制造出了十二具索哈爾模擬體，因此原有的索哈爾就被稱之為原始索哈爾）所需的神之語言、原始索哈爾的研究成果、米爾奇亞的U.M.N.座標(biāo)等事物，都被封存在Y資料當(dāng)中，而Y資料又被封存在百式觀測用合成人(Relian)M.O.M.O.的意識內(nèi)，然而這么做卻引起了各方勢力對M.O.M.O.的爭奪，因此星團(tuán)聯(lián)邦政府(游戲中統(tǒng)治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一個(gè)名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保護(hù)M.O.M.O.的安全。
　　另一方面，在米爾奇亞沖突事件結(jié)束后的十幾年，也就是大約在游戲EPI開始的時(shí)候，當(dāng)時(shí)最大的企業(yè)貝克達(dá)公司以對抗格諾西斯侵?jǐn)_的名義，進(jìn)行對格諾西斯用戰(zhàn)斗兵器KOS-MOS的開發(fā)計(jì)劃，但和當(dāng)時(shí)多使用合成人(Relian)與生化人(Cyborg)的情況所不同的是，KOS-MOS是個(gè)純粹的機(jī)械制品。另一方面，在EPI開始時(shí)，參與KOS-MOS開發(fā)計(jì)劃的貝克達(dá)公司第一開發(fā)局研究人員卯月紫苑，正乘著當(dāng)時(shí)載有還沒正式啟動(dòng)的KOS-MOS的Woglinde號太空船進(jìn)行旅途。但沒想到其太空船卻被沖著索哈爾而來的格諾西斯所攻擊，而KOS-MOS也在此時(shí)突然啟動(dòng)，卯月紫苑因而被卷入一連串和格諾西斯及索哈爾有關(guān)的陰謀，以及會(huì)改變?nèi)祟惷\(yùn)的事件當(dāng)中……