劇情緊接外傳 Battlefield of Pacifist（和平主義者的戰(zhàn)場(chǎng)），地球與殖民地的戰(zhàn)斗于殖民后196年結(jié)束。除五飛外，希洛等四位高達(dá)駕駛員決心把高達(dá)送往太陽(yáng)丟棄，然而統(tǒng)一的地球圈再次被人類(lèi)的欲望所吞噬，戰(zhàn)亂再一次燃起。巴頓財(cái)團(tuán)利用前OZ統(tǒng)帥杜魯斯之女作傀儡領(lǐng)袖成立軍隊(duì)，以新建之殖民地X18999為基地，同時(shí)脅持擔(dān)任地球外交官的莉莉娜作人質(zhì)，企圖實(shí)行第二次流星作戰(zhàn)。希洛等人進(jìn)入殖民地化解危機(jī)并把高達(dá)取回作戰(zhàn)。

　　《Arise》于2015年重制成10集電視動(dòng)畫(huà)《攻殻機(jī)動(dòng)隊(duì)Arise - Alternative Architecture》，前八集由劇場(chǎng)版四部曲重新剪輯而成，最后兩集「Pyrophoric Cult」為完全新作故事，內(nèi)容則是圍繞著將故事導(dǎo)引至《攻殼機(jī)動(dòng)隊(duì) 新劇場(chǎng)版》的電子腦病毒：火種，所帶來(lái)的沖擊性前傳作品。
　　DAY 1
　　2029年1月，在新濱市郊外發(fā)生飛機(jī)爆炸的恐怖攻擊，荒卷率領(lǐng)的公安九課收到美軍情報(bào)部提出共同搜查的請(qǐng)求。事件的嫌犯推測(cè)是買(mǎi)賣(mài)電子腦病毒?火種的中間人，通稱(chēng)「縱火魔」?？v火魔從卡爾特派遣過(guò)來(lái)暗殺穂積上校，將追查自己的美軍情報(bào)員以飛機(jī)爆炸的恐怖攻擊方式將其殺害。草薙將穂積當(dāng)做誘餌，為了逮捕縱火魔設(shè)下包圍網(wǎng)。
　　DAY 2
　　在激烈的電子腦戰(zhàn)斗中，草薙成功壓制住縱火魔，但查明的縱火魔身份，竟然在飛機(jī)的失事現(xiàn)場(chǎng)所發(fā)現(xiàn)的恐怖分子遺體資料一致！縱火魔究竟是誰(shuí)？在分析電子腦的過(guò)程中，被排除在共同搜查外的草薙一行人，轉(zhuǎn)任移送穂積上校到美軍情報(bào)部的護(hù)衛(wèi)，但縱火魔竟成功脫逃并殺害設(shè)施內(nèi)的所有技師，并襲擊草薙一行人?？v火魔的電子腦內(nèi)只殘存一個(gè)意志，就是保護(hù)能將所有人進(jìn)化的鑰匙：火種。

圣誕之夜，卡森共和國(guó)水企業(yè)和哈里曼達(dá)拉公司簽訂協(xié)議的大廈門(mén)外，無(wú)數(shù)群眾聲討抗議。而就在此時(shí)，擔(dān)任護(hù)衛(wèi)的警察機(jī)動(dòng)部隊(duì)突然掏槍對(duì)示威群眾展開(kāi)無(wú)差別屠殺。血腥恐怖的事件背后，神秘病毒“火種”若隱若現(xiàn)。在與不明敵人對(duì)決過(guò)程中，草薙素子（坂本真綾 配音）和獨(dú)立機(jī)動(dòng)部隊(duì)的同伴們救下了全身義體的少女津田艾瑪（茅野愛(ài)衣 配音），其身上似乎隱藏著利用虛擬記憶進(jìn)行恐怖活動(dòng)的事實(shí)。公安9課課長(zhǎng)荒卷大輔（塾一久 配音）拒絕將其交給陸軍情報(bào)部穗積上校（慶長(zhǎng)佑香 配音），而是命令草薙將艾瑪護(hù)送至501機(jī)關(guān)接受調(diào)查。草薙在少女身上不僅發(fā)現(xiàn)兩個(gè)靈魂的存在，更觸摸到了被官方、軍方可以隱藏的悲慘真相……

　　正享受短暫假期的公安九課少校草薙素子（坂本真綾 配音）突然接到巴特（松田健一郎 配音）的報(bào)告，西之內(nèi)某處大廈遭受恐怖分子襲擊，政府高官和商業(yè)巨擎被人殺害。在草薙的指揮下，九課的石川、波瑪、帕茲、巴特等人通力合作，將恐怖分子徹底制服，但草薙在行動(dòng)中意外受到神秘病毒感染。在西之內(nèi)恐怖襲擊的同時(shí)，遠(yuǎn)郊的水壩發(fā)生爆炸案。新濱縣刑警陀古薩（新垣樽助 配音）傳喚水壩管理企業(yè)負(fù)責(zé)人沙特博士，對(duì)方是來(lái)自飽經(jīng)戰(zhàn)火的卡森共和國(guó)的卡爾迪斯人。受警方高層施壓，陀古薩沒(méi)有得到任何有用信息。另一方面，草薙一方得知恐怖分子的真實(shí)身份，正是卡爾迪斯的游擊隊(duì)組織。兩起案件意外聯(lián)系在一起，其背后隱藏怎樣的真相？
　　本片根據(jù)士郎正宗的原作改編，為攻殼機(jī)動(dòng)隊(duì)前傳“ARISE”的第三部。