哥斯拉突然從北極的冰中出現(xiàn)！哥斯拉擊沉核潛艇海洋號，更破壞北極的軍事基地後開始南下。同樣的時候，在太平洋製藥宣傳部，那公司為提高節(jié)目的收看率打算使用發(fā)俄島上的魔神，櫻井和古江的兩名宣傳人員便去了發(fā)俄島。他們發(fā)現(xiàn)島上出現(xiàn)的魔神就是金剛。於是把他弄暈帶到日本，不久在運送金剛的船遭日本政府?dāng)r截，但那時金剛突然從麻醉中甦醒，在運輸船上跑出來，游向日本，而且更在那須高原初次與哥斯拉對決。第1回合以哥斯拉的放射火焰取得勝利，金剛被打敗嗎？
　　同時自衛(wèi)隊正進(jìn)行「火焰攻擊大作戰(zhàn)」，把汽油倒入河中然後燃點著火，哥斯拉竟然沒有直接渡過河流。不過哥斯拉在高壓電流前竟不能突破，還被嚇走了。
　　另一方面，逃走了的金剛面對阻擋哥斯拉的電塔竟輕易被他突破，而且在發(fā)瘋地吃著美味的電流，金剛終於到達(dá)市中心，更捉了櫻井的妹妹作為人質(zhì)登上國會會議廳，自衛(wèi)隊便利用法羅島體細(xì)胞莓汁展開「美味果汁迷迷糊糊大作戰(zhàn)」莓汁從天而降，在空中爆炸灑落在金剛身上，令金剛暈倒了。
　　自衛(wèi)隊防止金剛破壞城市，又展開「氣球輸送大作戰(zhàn)」，大氣球綁在金剛身上，帶著牠往富士地區(qū)，被運送到富士高原的金剛，與哥斯拉再次決鬥，哥斯拉再把金剛打倒，更放出放射火焰令森林著火。幸好有股雷暴經(jīng)過，閃電擊中金剛，電流被吸進(jìn)金剛身體中，令他醒來，變成超級撒亞人般。
　　金剛再戰(zhàn)哥斯拉，金剛使出雷擊拳，雙手找著哥斯拉的尾巴，然後三百六十度一轉(zhuǎn)把哥斯拉拋到另一處再戰(zhàn)，把熱海城徹底破壞，最後2頭怪獸更滾下山跌入海中。不久在海上只看到金剛的身影，哥斯拉被打敗了。
　　其實東寶為了不想得罪美國，在故事中，哥斯拉是被打敗，但為鞏固哥斯拉在日本
　　怪獸王的地位，卻在官網(wǎng)寫成平手！哥斯拉和金剛共戰(zhàn)3場，富士山1敗，電塔1勝，熱海城1勝。