四個情同手足的烏龜少年一直生活在人類城市隱秘的下水管道中，他們渴望成為這個城市的英雄，被人接受。在人類朋友愛普莉爾的幫助下，四位忍者神龜開始追蹤一個神秘的犯罪集團，但隨著一支強大變種生物軍隊的降臨，同樣屬于變種生物的忍者神龜們知道，這下大麻煩來了……

　　一位百萬富翁想幫助他被寵壞的孩子成為更好的人，所以他欺騙了他們，并假裝家庭失去了有資格的年輕人所依賴的財富。

在一次搶劫行動中，綁匪拒捕、殺人、挾持人質，警方要求飛虎隊支持。由阿Mike帶領的小隊，成功地圍捕綁匪，當阿Mike說服劫匪放下武器的時候，阿滿一槍打死了劫匪頭目占士，因為這些悍匪應該要死。這件事令Mike和阿滿的友情受到考驗，因為Mike考慮是否要指證他。而此時，阿滿的妹妹阿詩突然被殺，一場報復行動開始了……

　　傳說中的三助的孫子·朝永蘭丸（向井理 飾）在流浪之旅的最后，到達了鬼燈村，可竟在溫泉里溺水了！幸虧得到美女林醫(yī)生（木村多江 飾）用人工呼吸救了蘭丸，自此蘭丸便對她一見鐘情，并開始在村里的溫泉工作。但就在甕棺墓光（木村文乃 飾）和宮澤寬治（佐藤二郎 飾）追了上來的時候，卻突然發(fā)生了嚴重的地面塌陷。鬼火飛舞，黑水涌出，這時終于發(fā)現(xiàn)了尸體！「一定是他們?nèi)藛拘蚜诉h古的詛咒！」村民為此大怒。被迷之黑衣軍團追趕的他們，到底能不能找到殺人事件的犯人，并解開詛咒之謎呢？