上一部結(jié)尾，尼奧（基奴李維斯 飾）終于意識(shí)到自己的能力和使命，中彈復(fù)活后，變成了無(wú)所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凱莉·安·摩絲 飾），艦長(zhǎng)墨菲斯（勞倫斯·菲什伯恩 飾）回到了人類的基地錫安，受到人們的熱烈歡迎。
　　此時(shí)，“母體”決定先下手為強(qiáng)，派出了兩萬(wàn)五千只電子烏賊攻擊錫安基地；墨菲斯、尼奧和崔妮蒂則再次進(jìn)入“母體”，尋找“制鑰者”，準(zhǔn)備從內(nèi)部破壞；而本該被尼奧消滅的特勤史密斯似乎出了點(diǎn)問(wèn)題，脫離了“母體”的控制，擁有可怕的復(fù)制能力，阻礙尼奧他們的行動(dòng)。

　　不久的將來(lái)，網(wǎng)絡(luò)黑客尼奧（基奴李維斯 飾）對(duì)這個(gè)看似正常的現(xiàn)實(shí)世界產(chǎn)生了懷疑。他結(jié)識(shí)了黑客崔妮蒂（凱莉·安·摩絲 飾），并見(jiàn)到了黑客組織的首領(lǐng)墨菲斯（勞倫斯·菲什伯恩 飾）。墨菲斯告訴他，現(xiàn)實(shí)世界其實(shí)是由一個(gè)名叫“母體”的計(jì)算機(jī)人工智能系統(tǒng)控制，人們就像他們飼養(yǎng)的動(dòng)物，沒(méi)有自由和思想，而尼奧就是能夠拯救人類的救世主。
　　可是，救贖之路從來(lái)都不會(huì)一帆風(fēng)順，到底哪里才是真實(shí)的世界？如何才能打敗那些超人一樣的特勤？尼奧是不是人類的希望？這是黑客的帝國(guó)，程序和代碼歡迎大家的到來(lái)。.

重制了2015年4月到6月播出的電視動(dòng)畫《吹響悠風(fēng)號(hào)》而出的劇場(chǎng)版。