堂本一輝是著名的鋼琴演奏家，兩年前突然宣布不再演奏鋼琴轉(zhuǎn)而攻向管風(fēng)琴，更斥資建造了堂本音樂廳，準(zhǔn)備在落成之日舉行演奏會(huì)。然而在演奏會(huì)之前，堂本音樂學(xué)院的學(xué)生相繼死去，先是爆炸案，后是單個(gè)被殺。園子帶著柯南一行人來(lái)聽排練，認(rèn)識(shí)了女高音歌唱家秋庭憐子，擁有絕對(duì)音感的秋庭也開始遭遇到危險(xiǎn)：潤(rùn)生茶被下藥、作森林浴時(shí)遭遇空氣槍襲擊、試演會(huì)當(dāng)天更遭擊暈。然而就是從這些事件中，柯南找到了推理的邏輯：兇手試圖把秋庭排除在兇殺外。這邊已經(jīng)正式開演的演奏會(huì)渾然不知音樂大廳外已是爆炸連天，小蘭、灰原哀以及演奏廳內(nèi)的一千多人頓時(shí)危在旦夕，絕對(duì)音感成為了唯一的救命線索。柯南找到了爆炸的邏輯，要在罪犯引爆最后一個(gè)炸彈前，把他找出來(lái)。

知名舞臺(tái)劇女演員牧樹里這日收到怪盜基德的預(yù)告信：在26個(gè)字母的盤旋飛舞中，他來(lái)拜領(lǐng)無(wú)價(jià)的“命運(yùn)的寶石”。毛利小五郎受到牧樹里委托將信件分析，認(rèn)為基德將在演出最后一晚前來(lái)盜取寶石，當(dāng)晚他及柯南、小蘭等人來(lái)到劇場(chǎng)，那里早有諸多警察守候。令柯南吃驚的是，基德竟扮成工藤新一出現(xiàn)在眾人面前，但他及眾人方向不同的緊張過后，寶石并沒被盜，柯南醒悟字母預(yù)告信與航班相關(guān)。而柯南、小蘭、牧樹里及其同事搭乘的前往北海道的飛機(jī)上，尚有一起殺人計(jì)劃正被精心設(shè)計(jì)。