三十多歲的保險評估員何偉(徐崢飾)干凈斯文、氣質儒雅，妻子肖風(陶虹)剛剛懷孕，生活平靜而從容。

一度平靜的斯沃羅夫小島被弗林德·洛克伍德（比爾·哈德 Bill Hader 配音）的天才發(fā)明復食機所摧毀。最終他成功破壞復食機，并打算和山姆（安娜·法瑞絲 Anna Faris 配音）他們重建美好家園。這時候，弗林德最崇拜的偶像——麗芙公司老板切斯特 V（威爾·福特 Will Forte 配音）從天而降。切斯特是一個天才發(fā)明家，他的公司更是云集了全世界頂尖的科學家。切斯特邀請弗林德加入麗芙公司，并承諾帶著島民前往加利福尼亞，而他的公司將負責清理破敗的小島。為了成為幻想發(fā)明家，弗林德拼盡全力開展研發(fā)。與此同時，故鄉(xiāng)卻傳來不好的消息。許多清理者被活著的食物所捕獲，似乎復食機并未完全摧毀，并且朝著弗林德不曾預料的方向繼續(xù)發(fā)展。

　　小智（松本梨花 配音）帶著皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴們繼續(xù)前行在冒險的旅途之中。路上，一行人遇見了帶著神奇寶貝胡巴（釘宮理惠 配音）的少女麥亞麗（中川翔子 配音）。胡巴能夠制造出神奇的時空圓環(huán)，帶領大家在不同的地點來回穿梭。
　　地處沙漠腹地的城市迪賽魯西坦到了，曾經，在這里發(fā)生過一場聲勢浩大的神奇寶貝戰(zhàn)爭，亦是因為這場戰(zhàn)爭，這里才成為了干涸少水的沙漠。在這里，麥亞麗和哥哥巴爾扎（藤原龍也 配音）匯合了，讓大家沒有想到的是，巴爾扎竟然得到了封印著可怕神奇怪手的瓶子。在誤打誤撞之中，封印被解開了，那個曾經終結過迪賽魯西坦的可怕怪獸重見天日，而它的真實身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。

琪琪今年13歲了，按照魔法界的規(guī)矩，魔法少女年滿13歲就要出外進行為期一年的修行。所以琪琪帶著寵物黑貓吉吉踏上了修行之旅。然而，修行之旅開始得并不順利，當琪琪來到海邊一座大城市時，人們并沒有歡迎她的到來，人人都不搭理她。幸虧琪琪有一顆善良的心，當她拾到了一件別人的失物時，熱心的琪琪找到了失主。她的善良贏得了面包店老板娘的好感，琪琪就在面包店開始了她用飛行魔法為客人服務的快遞業(yè)務。琪琪很快適應了新環(huán)境，一次，一個熱衷于飛機制造的男孩邀請琪琪去參加飛行俱樂部的聚會，途中琪琪因為幫一位老大娘送東西而被雨淋了。從此，琪琪突然發(fā)現(xiàn)自己的魔法正在一天天變弱。

小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，寶可夢波爾凱尼恩從天而降并被迫與小智鎖在了一起。波爾凱尼恩與被人類傷害過的寶可夢們共同生活，因此非常討厭人類，但這條神奇的鎖鏈卻讓他們無法分開，奇妙的故事就此開始。小智與皮卡丘又將一起開始新的冒險…… 另一方面，在超級機關城市阿佐特王國，大臣賈維斯得到了常年追求的終極發(fā)明——500 年前誕生于阿佐特王國的人造寶可夢瑪機雅娜。據(jù)說在瑪機雅娜體內，有被稱為 “魂心”的未知力量，貪婪又邪惡的賈維斯企圖利用這股力量來統(tǒng)治王國。小智和波爾凱尼恩將會如何化解彼此的嫌隙？波爾凱尼恩與瑪機雅娜又有著怎樣的淵源？他們要如何共同對抗賈維斯拯救阿佐特王國？瑪機雅娜的最終命運又將如何結局？一場精靈寶可夢史上最偉大的戰(zhàn)役即將展開！

天使首領被邀請參與調查一宗有關泰國臨國到訪的親善大使被暗殺事件，于是召集天使組織成員方中信、陳成貴及李賽鳳，方與陳往見美國CIA亞洲區(qū)負責人，后查悉恐怖組織已組成神勇匕首隊，并準備重金禮聘美、日兩國女殺手為匕首隊隊長以訓練隊員。于是李賽鳳便受命截殺上任之日本女殺手而混入組織作為內應，與方中信及陳成貴來一個里應外合，將恐怖組織一網打盡……