時值龍騰世紀(jì)，大地處于一種神秘而陰森的氛圍之中。安卓絲蒂教會是當(dāng)時萬眾信仰的歸屬，為了阻止邪惡自私的血魔法師濫用魔法，危害人間，教會嚴(yán)格禁止人民是用魔法，更組建了圣殿騎士負(fù)責(zé)追查澧清各種可以分子。在這一過程中，腐敗罪惡不斷滋長，世界愈加黑暗。十年集會將至，信眾從四面八方趕到奧萊桑帝國。在此重要時刻，血魔法師蠢蠢欲動，醞釀著更大的陰謀。
　　拜倫所率領(lǐng)的圣殿騎士展開更為縝密的追查，而屠龍一族的女子卡珊德拉也參與其中。陰謀、罪惡混雜其中，拜倫發(fā)現(xiàn)，即使來自身邊的人也變得不那么可靠，這群忠心耿耿、勇猛無敵的騎士面臨前所未有的挑戰(zhàn)……

一年一度的七夕即將到來，東京、神奈、靜岡、長野等地卻接連發(fā)生六起連環(huán)殺人案，被害者身邊皆留下麻將牌中的七筒和奇怪暗示。由于作案范圍過大，各地警署探員紛紛聚到東京警署的專案組共同研究案情，毛利小五郎也被邀請參加，柯南則偷偷聽取了會議的內(nèi)容。會后，柯南無意中聽到群馬縣警部山村操哼唱的童謠，繼而發(fā)現(xiàn)有黑衣組織的成員混進警察中間。在一次圍捕行動中，柯南遇到假扮人質(zhì)的Vermouth，得知近期一連串的殺人案件與存有組織內(nèi)部人員資料的記憶卡有關(guān)。與此同時，潛入警察內(nèi)部的間諜偷偷盜取工藤新一和柯南的指紋，新一的身份眼看被拆穿，巨大的危險正向他和身邊的人急速襲來……

擔(dān)當(dāng)原作的赤松健曾于《OVA 另一個世界》發(fā)售期間定下一個銷量目標(biāo)，稱若目標(biāo)達(dá)成，將會把漫畫改篇為長篇動畫放送。最后銷量目標(biāo)達(dá)成，赤松健亦遵守承諾，預(yù)定于2011年推出作品。起初，讀者對長篇動畫的定義有疑惑的地方，不清楚是屬于哪一種動畫形式，官方其后澄清為劇場版。
解決魔法世界崩壞的危機的涅吉，與一眾3-A學(xué)生和魔法師回到麻帆良學(xué)園。然而，他們在校門發(fā)現(xiàn)了寫著“麻帆良學(xué)園中等部畢業(yè)典禮”的橫幅。很久沒有回來的涅吉和同學(xué)們，就在有限的時間內(nèi)慌忙作好準(zhǔn)備。同時間，校長召見涅吉，要涅吉認(rèn)真考慮如何跟班內(nèi)多位學(xué)生厘清關(guān)系，尤其是跟過半班內(nèi)學(xué)生訂下的“暫定契約”，其實還有一些秘密……為了決斷的問題，涅吉覺得十分煩惱……

1943年3月31日晚，在傳奇性的薩爾迪酒吧里，著名的歌詞作家洛倫茨·哈特獨自面對著他破碎的自信心。就在同一時刻，他的前合作伙伴理查德·羅杰斯卻正在慶祝他們昔日合作的延續(xù)——具有里程碑意義的音樂劇《俄克拉荷馬！》的盛大首演。