東京、大阪、京都相繼發(fā)生殺人事件，5名死者皆是被頭戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬間殺害。警方介入調(diào)查，發(fā)現(xiàn)死者都是出沒于3地專門偷竊有名的佛像及美術品的偷盜集團“源氏螢”成員。該集團共有成員8名，以義經(jīng)的家臣名字互相稱呼，且都持有一本《義經(jīng)記》，被害5人手中的《義經(jīng)記》均被拿走。這日京都古寺山能寺收到奇怪書信，說若能解開信中所附的畫謎，便能找到8年前被竊的如來佛像。柯南、小蘭隨毛利小五郎來到該寺，均對畫謎一籌莫展。5名被殺者之一曾對與新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也來到京都對案件秘密展開調(diào)查，并借機找尋自己的初戀情人。柯南與服部相遇聯(lián)手調(diào)查時，發(fā)現(xiàn)有人想置服部于死地，緊接“源氏螢”另一成員被害，而這一切，似乎又都與畫謎有關。

在名為斯沃羅夫的小島上，生活著一個名叫弗林德·洛克伍德（比爾·哈德 Bill Hader 配音）青年，他從小就想法多多，熱衷各種各樣的科學發(fā)明，比如不用鞋帶的鞋子、能夠自動行走的電視、飛行汽車、猴子語言翻譯器等。想法雖好，但通常都以失敗和災難告終。母親生前對他的鼓勵令弗林德從不灰心，他屢挫屢勇，在科學發(fā)明的天地里自得其樂。不過，老爸再也無法忍受兒子無休止的折騰，他要求弗林德在自家的店里幫忙。與此同時，為了解決當?shù)厥澄飬T乏的問題，弗林德偷偷進行著超級食物機的研究。在最新的嘗試中，弗林德毀掉了剛剛揭幕的沙丁魚樂園，不過他的實驗也取得成效。眾目睽睽之下，天空下起了令人難以置信的漢堡包雨！一切都變得有趣起來……