圣誕之夜，卡森共和國水企業(yè)和哈里曼達拉公司簽訂協(xié)議的大廈門外，無數(shù)群眾聲討抗議。而就在此時，擔任護衛(wèi)的警察機動部隊突然掏槍對示威群眾展開無差別屠殺。血腥恐怖的事件背后，神秘病毒“火種”若隱若現(xiàn)。在與不明敵人對決過程中，草薙素子（坂本真綾 配音）和獨立機動部隊的同伴們救下了全身義體的少女津田艾瑪（茅野愛衣 配音），其身上似乎隱藏著利用虛擬記憶進行恐怖活動的事實。公安9課課長荒卷大輔（塾一久 配音）拒絕將其交給陸軍情報部穗積上校（慶長佑香 配音），而是命令草薙將艾瑪護送至501機關接受調(diào)查。草薙在少女身上不僅發(fā)現(xiàn)兩個靈魂的存在，更觸摸到了被官方、軍方可以隱藏的悲慘真相……

這是一段攻殼機動隊成立前夕鮮為人知而又影響深遠的故事。2027年6月6日的一天，隸屬陸軍機密部隊501機關的真室中佐（宮內(nèi)敦士 配音）在鬧市街頭被人殺害，此前他曾陷入軍火買賣的賄賂丑聞不得脫身，他對死亡背后自然隱藏著無數(shù)謎團。陰雨之夜，試圖取回真室電子腦的公安9課課長荒卷大輔（塾一久 配音）與生化人草薙素子（坂本真綾 配音）在真室中佐的墓地首次相遇。此時草薙還只是501機關負責網(wǎng)絡犯罪追查的軍人，此行她希望找到倍為尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相。誰知，棺木中的中佐早已不見了蹤影。在此之后，她受到荒卷委托展開調(diào)查，并在一連串兇險追查的過程中與前特種部隊成員巴特（松田健一郎 配音）和時為新濱縣刑警的陀古薩（新垣樽助 配音）邂逅。撲朔迷離的案情，草薙一行被引向未知的彼方……
本片根據(jù)士郎正宗的原作改編。

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五年前的“舊金山事件”雖已平息，但是帝王組織對泰坦巨獸的研究從未停止。這一日，位于61號基地的巨獸摩斯拉破繭而出。艾瑪·羅素博士（維拉·法米加 Vera Farmiga 飾）利用手中的聲波設備與暴走的摩斯拉建立聯(lián)系，可是突然闖入的雇傭兵卻將一切引向不可預測的方向。原來劫走艾瑪?shù)陌瑐悾▌P爾·錢德勒 Kyle Chandler 飾），試圖借助聲波設備喚醒正沉睡在冰川中的遠古巨獸基多拉。另一方面，芹澤博士（渡邊謙 飾）輾轉(zhuǎn)找到馬克（凱爾·錢德勒 Kyle Chandler 飾），希望他能一同救回馬克的前妻——艾瑪博士。然而事態(tài)逐漸失控，在人類欲望的趨勢下，巨獸相繼蘇醒，更大的災難籠罩在地球上空……

在罪惡橫行的高漢市，有一個令罪犯們心驚膽顫的名字：蝙蝠俠。蝙蝠俠（邁克爾?基頓 Michael Keaton 飾）穿梭于最黑暗的角落，四處打擊罪惡。在一次打擊罪惡的行動中，蝙蝠俠令匪徒尼巴（杰克?尼科爾森 Jack Nicholson  飾）落入了化學池。尼巴因此面部神經(jīng)受損，成了永遠咧嘴笑的笑面人，人稱“小丑”。 　　“小丑”殺死了團伙的首領，控制了整個高漢市的黑道。“小丑”利用化學藥品讓人發(fā)笑而死，他用這種方法襲擊了博物館，幸得蝙蝠俠及時趕到，挫敗了“小丑”的陰謀。在女友碧姬（金?貝辛格 Kim Basinger 飾）家里時，“小丑”突然襲擊，蝙蝠俠巧妙躲過了襲擊，意外發(fā)現(xiàn)“小丑”就是殺死自己的父母的仇人。 　　“小丑”這次虜走了蝙蝠俠的女友碧姬，約定蝙蝠在教堂樓頂決一死戰(zhàn)！