故事延續(xù)第二季主線，靈界與斗魂衛(wèi)在利益糾葛之下沖突不斷，本季靈界派出強(qiáng)盛軍隊(duì)欲對(duì)斗魂衛(wèi)趕盡殺絕，兩方勢(shì)力都在以正在舉辦門宗大會(huì)的五法山為中心匯集，在這里發(fā)生著慘烈的戰(zhàn)斗與沖突。

講一群普通的年輕人如何成為英雄，為了復(fù)活一個(gè)古老的守護(hù)者，瓦凱 和他的朋友必須周游世界尋找戰(zhàn)斗盤。讓他們有能力能夠召喚強(qiáng)大的怪獸進(jìn)行史詩(shī)般的戰(zhàn)斗。為了成為真正的英雄，他們必須上英雄學(xué)院，面對(duì)各種野生怪物。和同學(xué)們戰(zhàn)斗來(lái)收集最多的戰(zhàn)斗光盤。但當(dāng)邪惡的魔王想要利用戰(zhàn)斗盤的力量計(jì)劃統(tǒng)治銀河系。

乃（本泉麗奈 配音）在學(xué)校里擔(dān)任著歷史老師的職務(wù)，擁有著可愛面孔溫柔個(gè)性的她在學(xué)生之中擁有很高的人氣，唯一不聽她話還常常給她造成困擾的，是一位名叫久我宗二（白井悠介 配音）的男生。因?yàn)閮?nèi)向的個(gè)性，菜乃的感情生活到目前為止還是一片空白。在熟人的介紹之下，菜乃決定相親。第一次和陌生男子見面吃飯，菜乃的心中充滿了不安，所幸對(duì)方是一個(gè)溫文爾雅又彬彬有禮的男性，在對(duì)方的引導(dǎo)之下，菜乃逐漸放下了疑慮，打開了心扉。事后，菜乃震驚的發(fā)現(xiàn)，讓她小鹿亂撞的相親對(duì)象，竟然正是變了裝的宗二，不僅如此，宗二還在校園里對(duì)菜乃展開了熱烈的追求。