一度平靜的斯沃羅夫小島被弗林德·洛克伍德（比爾·哈德 Bill Hader 配音）的天才發(fā)明復(fù)食機(jī)所摧毀。最終他成功破壞復(fù)食機(jī)，并打算和山姆（安娜·法瑞絲 Anna Faris 配音）他們重建美好家園。這時候，弗林德最崇拜的偶像——麗芙公司老板切斯特 V（威爾·福特 Will Forte 配音）從天而降。切斯特是一個天才發(fā)明家，他的公司更是云集了全世界頂尖的科學(xué)家。切斯特邀請弗林德加入麗芙公司，并承諾帶著島民前往加利福尼亞，而他的公司將負(fù)責(zé)清理破敗的小島。為了成為幻想發(fā)明家，弗林德拼盡全力開展研發(fā)。與此同時，故鄉(xiāng)卻傳來不好的消息。許多清理者被活著的食物所捕獲，似乎復(fù)食機(jī)并未完全摧毀，并且朝著弗林德不曾預(yù)料的方向繼續(xù)發(fā)展。

　　小智（松本梨花 配音）帶著皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴們繼續(xù)前行在冒險(xiǎn)的旅途之中。路上，一行人遇見了帶著神奇寶貝胡巴（釘宮理惠 配音）的少女麥亞麗（中川翔子 配音）。胡巴能夠制造出神奇的時空圓環(huán)，帶領(lǐng)大家在不同的地點(diǎn)來回穿梭。
　　地處沙漠腹地的城市迪賽魯西坦到了，曾經(jīng)，在這里發(fā)生過一場聲勢浩大的神奇寶貝戰(zhàn)爭，亦是因?yàn)檫@場戰(zhàn)爭，這里才成為了干涸少水的沙漠。在這里，麥亞麗和哥哥巴爾扎（藤原龍也 配音）匯合了，讓大家沒有想到的是，巴爾扎竟然得到了封印著可怕神奇怪手的瓶子。在誤打誤撞之中，封印被解開了，那個曾經(jīng)終結(jié)過迪賽魯西坦的可怕怪獸重見天日，而它的真實(shí)身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。

琪琪今年13歲了，按照魔法界的規(guī)矩，魔法少女年滿13歲就要出外進(jìn)行為期一年的修行。所以琪琪帶著寵物黑貓吉吉踏上了修行之旅。然而，修行之旅開始得并不順利，當(dāng)琪琪來到海邊一座大城市時，人們并沒有歡迎她的到來，人人都不搭理她。幸虧琪琪有一顆善良的心，當(dāng)她拾到了一件別人的失物時，熱心的琪琪找到了失主。她的善良贏得了面包店老板娘的好感，琪琪就在面包店開始了她用飛行魔法為客人服務(wù)的快遞業(yè)務(wù)。琪琪很快適應(yīng)了新環(huán)境，一次，一個熱衷于飛機(jī)制造的男孩邀請琪琪去參加飛行俱樂部的聚會，途中琪琪因?yàn)閹鸵晃焕洗竽锼蜄|西而被雨淋了。從此，琪琪突然發(fā)現(xiàn)自己的魔法正在一天天變?nèi)酢?/p>

小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，寶可夢波爾凱尼恩從天而降并被迫與小智鎖在了一起。波爾凱尼恩與被人類傷害過的寶可夢們共同生活，因此非常討厭人類，但這條神奇的鎖鏈卻讓他們無法分開，奇妙的故事就此開始。小智與皮卡丘又將一起開始新的冒險(xiǎn)…… 另一方面，在超級機(jī)關(guān)城市阿佐特王國，大臣賈維斯得到了常年追求的終極發(fā)明——500 年前誕生于阿佐特王國的人造寶可夢瑪機(jī)雅娜。據(jù)說在瑪機(jī)雅娜體內(nèi)，有被稱為 “魂心”的未知力量，貪婪又邪惡的賈維斯企圖利用這股力量來統(tǒng)治王國。小智和波爾凱尼恩將會如何化解彼此的嫌隙？波爾凱尼恩與瑪機(jī)雅娜又有著怎樣的淵源？他們要如何共同對抗賈維斯拯救阿佐特王國？瑪機(jī)雅娜的最終命運(yùn)又將如何結(jié)局？一場精靈寶可夢史上最偉大的戰(zhàn)役即將展開！