1995年，神隱島800多余名島民一夜之間全部神秘死亡，只有一名少女存活，她即是本作的主角若竹瑪麗。四年后，16歲的若竹瑪麗離開了祖母進(jìn)入私立寄宿制女子高中－－?；藢W(xué)園，在去學(xué)校的途中，她看到了一位佇立在鴿群中的少女－－千光寺萩乃。萩乃在學(xué)校里是人人憧憬的學(xué)校干部，可是在瑪麗的碰觸下荻乃卻突然暴走……其實，荻乃的另一身份是潛入地球人中進(jìn)行調(diào)查的外星人地球調(diào)查艦隊第五艦的艦長，而95年發(fā)生的神隱島事件正是由萩乃的戰(zhàn)艦發(fā)生事故造成。因為戰(zhàn)艦在事故中嚴(yán)重毀壞，荻乃留在了地球，同時潛入人類社會繼續(xù)調(diào)查。可是事情遠(yuǎn)不止于此，瑪麗的出現(xiàn)推動了整個故事的進(jìn)程……一場百合大戰(zhàn)即將在?；藢W(xué)園展開。
