故事講述了五個少男少女的成長故事。陳尋和他的好朋友趙燁、喬燃一起長大，三個大男孩盡情揮霍著青春年華，他們插科打諢，與老師對抗，狂打街邊游戲。后來結(jié)識方茴和領(lǐng)林嘉茉，五人結(jié)成好朋友，一起學(xué)習(xí)、玩耍。陳尋和方茴經(jīng)常一起學(xué)習(xí)，喬燃暗戀著方茴，但是從未表現(xiàn)出來。趙燁也偷偷地對林嘉茉產(chǎn)生興趣。

　　清康熙年間，名將施瑯之子施仕倫（范明 飾）出任泰州知府，由于為官清廉，被百姓尊為“施公”。 康熙（李子雄 飾）皇帝南巡路經(jīng)泰州，目睹施公審理臧保一案全過程，對其人性化辦案嘖嘖稱奇，親賜“江南第一清官”稱號，并將其調(diào)任揚州委以重任。抵達揚州上任后，師爺白楊（趙錦燾 飾）、發(fā)妻表妹柳青衣（郭珍霓 飾）鼎力協(xié)助施公辦案，成為施公的左膀右臂。下屬杜康（王桀 飾）和捕快丁忠（楊瓏 飾）、等人也全力配合施公秉公執(zhí)法，破獲了不少疑案陳案。十三皇子胤祥突然失蹤，引起各地官宦議論紛紛，猜疑宮中有變，施公經(jīng)詳細調(diào)查，發(fā)現(xiàn)了鰲拜后人南德（馬光澤 飾）等人的陰謀，從此與胤祥結(jié)下很深的交情......

為了爭奪名震江湖的《連城訣》，同門師兄弟戚長發(fā)（于東江 飾）和萬震山（杜志國 飾）之間展開了激烈的交戰(zhàn)，并將狄云（吳樾 飾）和其戀人戚芳（何美鈿 飾）卷入其中。在萬震山的設(shè)計之下，狄云含冤入獄，而戚芳則含恨嫁給了萬震山之子萬圭（錢泳辰 飾）。狄云在獄中結(jié)識了大俠丁典（王海地 飾），兩人結(jié)為莫逆之交。之后，狄云越獄，在機緣巧合之下練就神功，名震江湖。為了報仇雪恨，狄云找到了萬震山和萬圭，將他們封入墻中，哪知道善良的戚芳心軟放出了萬圭，卻反而死在了丈夫手下。狄云陷入了絕望之中，幸得水笙（舒暢 飾）一路照拂安慰，兩人之間漸漸產(chǎn)生了真摯的情誼。 

　　活佛濟公2的故事由畫中仙、瘋女劫、血魔出世、萬應(yīng)佛堂、雪女傳說、木馬緣、雙退婚、鬼郎君 貞潔牌坊等9個單元組成。