紅葉みさき等四名少女是特殊部隊(duì)“セラフィム”的候補(bǔ)生，為了成為正式成員而在ウォッチャーズ ネスト聞雞起舞。但是她們并不知道，真正的敵人異型生命體“グール”有多么可怕……

　　一天，工藤大器偶然聽到了神秘聲音的呼喚，與朋友們一起來到了數(shù)碼世界，在那里認(rèn)識(shí)了眾多的數(shù)碼獸同伴并且成為指揮官建立“Xros Heart”團(tuán)隊(duì)。意想不到的是，在數(shù)碼世界中除了他們外竟然還有別的人類在數(shù)碼世界中活躍著……然而，為了防止邪惡的巴古拉軍企圖稱霸數(shù)碼世界，他們將要努力地收集水晶（Code Crown）來保護(hù)各個(gè)領(lǐng)域（Zone），擔(dān)負(fù)起拯救數(shù)碼世界的命運(yùn)。
　　被巴古拉獸擊回到人類世界的工藤大器和高吼獸，經(jīng)過東京大決戰(zhàn)留在人類世界一天后，相對(duì)地?cái)?shù)碼世界已經(jīng)過了好幾個(gè)月的時(shí)間，并落入了巴古拉軍支配下的地獄世界，分裂為七個(gè)國家（Land），由七名巴古拉軍手下的死亡指揮官所統(tǒng)治，而這七名死亡指揮官就是本篇章的主要敵人。為了讓數(shù)碼世界再次得到和平，工藤大器和高吼獸決定再次回到危機(jī)四伏的數(shù)碼世界中。此外，本篇章亦出現(xiàn)全新力量“超進(jìn)化”。
　　與巴古拉獸的最終決戰(zhàn)已經(jīng)過去了一年，天野音音的弟弟-天野悠入讀大器所讀的中學(xué)，并與大器組成“Xros Heart”的籃球隊(duì)，過著悠閑的生活，而隊(duì)伍中還有一名尊敬著大器學(xué)長的成員-明石激。一天，明石激被卷入了“數(shù)碼晶界”所發(fā)生的異變之中。

大門大意外地遇到了亞古獸，兩人見面就大打出手，亞古獸戰(zhàn)敗后稱大門大 為大哥，但是數(shù)碼特搜部隊(duì)（DATS）不容許未受其隊(duì)員管理的數(shù)碼獸留存在這個(gè)世界上，必需送回?cái)?shù)碼世界，而后湯島告訴大若加入DATS他就可以跟數(shù)碼世界的強(qiáng)敵戰(zhàn)斗，大因此加入DATS，與淑乃及托瑪組成小組，一同解決數(shù)碼事件。托瑪發(fā)現(xiàn)日本的數(shù)碼事件頻率增加并非偶然，因此請(qǐng)假回到歐洲調(diào)查，發(fā)現(xiàn)根源來自于人類的七宗罪。而比丘獸的事情讓大他們知道了其幕后黑手是究極體數(shù)碼獸——墨丘利獸搞的鬼，也因此決定動(dòng)身前往數(shù)碼世界。而在數(shù)碼世界，他們見到了一個(gè)人類小孩——郁人，他自稱數(shù)碼獸，對(duì)人類懷有怨恨。