章魚被一只巨型烏賊抓住。由于烏賊觸手末端有鉤子，章魚小隊(duì)無(wú)法掙脫。幸運(yùn)的是，幾頭抹香鯨的到來(lái)讓烏賊從獵人變成了獵物。

位于東京西部的巨大“學(xué)園都市”。在總?cè)丝谶_(dá)230萬(wàn)人，其中約8成是學(xué)生的這座都市中，實(shí)施著超能力開發(fā)的特殊課程，學(xué)生們的能力被給予從“無(wú)能力Level 0”到“超能力Level 5”的六階段評(píng)價(jià)。高中生上條當(dāng)麻，也是住在學(xué)園都市的學(xué)生之一。他由于隱藏在右手中的力量——只要是異能之力，就連神的加護(hù)都能消除的“幻想殺手Imagine Breaker”，而被評(píng)價(jià)為名落孫山的“無(wú)能力”，過(guò)著充滿不幸的人生。而上條的學(xué)生生活，由于暑假開始時(shí)從天而降的純白修女而發(fā)生了巨大的變化。自從與逃離“魔法”世界的她——“禁書目錄茵蒂克絲”相遇開始，上條就被卷入了各種各樣的事件中。統(tǒng)率學(xué)園都市的“科學(xué)”方、與茵蒂克絲關(guān)聯(lián)的“魔法”方，在驚險(xiǎn)地解決雙方事件的過(guò)程中，他的人際關(guān)系也逐步擴(kuò)展。之后，魔法一方的十字教最大宗派羅馬正教，終于注意到上條的存在……。如同呼應(yīng)魔法方一般，科學(xué)方的學(xué)園都市也有所動(dòng)作。但也有與逐漸開始對(duì)立的世界動(dòng)向抗?fàn)幍娜瞬粩喑霈F(xiàn)。那些通過(guò)與上條有所關(guān)聯(lián)，而使命運(yùn)大為改變的“英雄”們。他們挺身而出與世界對(duì)峙。如同上條當(dāng)麻做過(guò)的那樣?？茖W(xué)與魔法第三次交織之時(shí)，故事將大幅推進(jìn)??！

　　第三期 銀河
　　時(shí)空之石事件之后，在圣光之路大賽足球場(chǎng)即將舉辦全新閃電日本選拔，在獲選的選手中，除了天馬、劍城以及神童外，全是在其他學(xué)校首次踢球的運(yùn)動(dòng)選手，他們要如何整頓球隊(duì)迎接世界的挑戰(zhàn)呢？
　　此隊(duì)與劇場(chǎng)版《閃電十一人GO VS紙箱戰(zhàn)機(jī)》的新生閃電日本隊(duì)并無(wú)關(guān)系，是由黑巖監(jiān)督親自從日本挑選而組成的球隊(duì)。
　　除了雷門的三巨頭外，其他八名都是從參加神圣之路的隊(duì)伍的板凳里選出來(lái)，且八人均是踢足球的新手。
　　目前新生閃電日本隊(duì)沒(méi)有板凳成員。
　　在世界大賽中禁止使用化身（所以更別說(shuō)極限和體了）。
　　在第一主題曲中有出現(xiàn)的國(guó)家有：韓國(guó)、中國(guó)（新）、澳洲、中東國(guó)家(可能是沙特阿拉伯)、美國(guó)。

　全國(guó)大賽完結(jié)以后，越前龍馬（皆川純子 配音）回到了美國(guó)，但因?yàn)橐环鈴娜毡緛?lái)的信讓龍馬速速回來(lái)。原來(lái)日本U—17高中生網(wǎng)球集訓(xùn)首次在初中生當(dāng)中選拔。而在全國(guó)大賽表現(xiàn)十分優(yōu)異的青春、冰帝、不動(dòng)峰等學(xué)園的優(yōu)秀選手都獲得了這項(xiàng)集訓(xùn)的資格。趕上了末班車的龍馬有了更加廣闊的展示空間，從初中生跨越到高中生，龍馬等一行人即將面臨的是更強(qiáng)的選手，網(wǎng)球王子們?cè)俣葰w來(lái)，華麗更甚，招數(shù)也更加令人眼花繚亂……本劇改編自許斐剛的同名漫畫，劇情緊隨著前作的最終章，從全國(guó)大賽幾個(gè)月后的故事開始說(shuō)起。萬(wàn)眾矚目的王子們?cè)俣葰w來(lái)，帶著新人物的出場(chǎng)，一場(chǎng)場(chǎng)扣人心弦的比賽即將開始。

　　化學(xué)專業(yè)的大學(xué)生小藍(lán)，偶然搭救了昏迷的伯倫希爾魔法學(xué)院的魔藥老師后，竟不小心穿越到了魔法學(xué)院，還成為了魔藥課代課老師。好在小藍(lán)急中生智，他憑借扎實(shí)的專業(yè)知識(shí)，巧妙地將化學(xué)知識(shí)融入魔藥課程，讓學(xué)生們很好地掌握了課程知識(shí)，還在一次學(xué)院危機(jī)中成功抵御毒藥的侵襲，并與小綠一起解除了學(xué)院的危機(jī)。

明明只差一步便能破入仙門，得道成仙的主角，竟被天劫罰下，重返過(guò)去？！也好，往日那些屈辱，就在今日一一報(bào)了吧！舊日時(shí)間線中，究竟還藏著什么陰謀？當(dāng)初男主的慘境，竟只是一枚棋子的命.