故事以前作《科學小飛俠Crowds》的后續(xù)劇情展開。距離“立川事件”已經過了一年，當初貝爾庫·卡切賦予爾乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推廣之下已在人類社會當中廣泛普及。然而仍然存在著對此感到不滿的人們，此時菅山遭到不明人士的襲擊，GATCHAMAN的全新戰(zhàn)斗就此揭開序幕。

　　「カードファイト??！ヴァンガード」
　　世界で數(shù)億人ものプレイヤーを數(shù)えるこのカードゲームは、
　　常に人々を熱狂させ、多くの絆を育んできた……
　　孤獨だった「新導クロノ」の運命は、未知のクラン《ギアクロニクル》を通じて
　　ヴァンガードと出會ったことから大きく動き出した。
　　誇り高く、自身の可能性を追求する「綺場シオン」
　　ありのままの自分を認め、健やかに未來を描こうとする「安城トコハ」
　　彼らチーム?トライスリーは、自分たちの信じるヴァンガードを貫き、共に成長してきた。
　　そしてこの秋、
　　ヴァンガード普及協(xié)會が主催する超ビッグイベント、「Gクエスト」が開幕を迎える。
　　6つの支部クエストを制覇した者に與えられる栄譽、「ジェネレーションマスター」の稱號とクランリーダーのチャンス。
　　新たな目標に燃えるトライスリーだが、その熱狂の裏では、
　　ヴァンガードを破滅へと導く巨大な陰謀が進行していてた…。
　　己が使命のため暗躍する伊吹コウジの「Plan-G」なる作戦とは？
　　新たなる出會いを通じて、クロノたちはどんな未來を摑むのか??？
　　Gクエストに櫂トシキや雀ケ森レン、蒼龍レオンといったレジェンド級のファイターたちも參戦！
　　新時代の戦いが今、始まる！

　　在席卷全世界的死斗鏈環(huán)傀儡結束后數(shù)日。
　　世界恢復和平，安穩(wěn)的日常生活再度到來。
　　但是，令人驚愕的事態(tài)卻發(fā)生在棹俊樹面前。
　　從鏈環(huán)傀儡的侵略之下拯救了世界的英雄、先導愛知，忽然從這個世界上消失了。并且，人們也失去了有關愛知曾經存在的記憶……
　　在幾乎沒有任何線索的情況下，棹將僅余的能夠證明大家與愛知的牽絆的「狂風劍刃」與《光輝騎士團》卡組握在手中，出發(fā)前去探索愛知。
　　這般情況下，棹的面前出現(xiàn)了自稱「四騎士（Quatre Knights）」的斗士們。蓋亞爾、涅文、拉緹、瑟勒——這4人中不論哪一個都是世界頂尖水準的先導者斗士。
　　操控著不可思議的力量的他們，宣告要讓棹放棄尋找愛知。
　　他們的目的究竟是……?。慷麄兒蛺壑质鞘裁搓P系……?。?br/>　　將全新的力量「雙斗」納入手中，奪回愛知的戰(zhàn)斗，現(xiàn)在開始！