故事背景為“靈禍”頻發(fā)、陰陽(yáng)師活躍于世的現(xiàn)代，16歲高中生土御門春虎（石川界人 配音）生于陰陽(yáng)師世家土御門，雖為名門子嗣，他運(yùn)氣極差，且毫無(wú)天賦，自認(rèn)為不適合成為陰陽(yáng)師，和好友冬兒（木村良平 配音）無(wú)所事事度過(guò)每一天。他的青梅竹馬土御門夏目（花澤香菜 配音）則是土御門下一代當(dāng)家，她天賦異稟，認(rèn)真負(fù)責(zé)，有著極高的擔(dān)當(dāng)繼承人守護(hù)家族的覺(jué)悟。時(shí)值暑假，夏目自東京歸來(lái)。不久，“十二神將”之一、被稱為“神童”的大連寺鈴鹿引發(fā)了“泰山府君祭”事件。在混亂戰(zhàn)斗中，春虎失去了親友北斗，痛定思痛的他決定成為夏目的式神，重返陰陽(yáng)師之路。

　　小兔她們現(xiàn)在已經(jīng)升上初三了，戰(zhàn)士們?yōu)榱丝忌细咧?，組織了一個(gè)讀書會(huì)，一起到小麗家中溫習(xí)。素來(lái)有靈力的小麗做了一個(gè)怪夢(mèng)，夢(mèng)見救世主出現(xiàn)，世界毀滅，令她很擔(dān)心。新的敵人死亡變種開始利用心魔，四處找尋擁有“純真之心”的人，而那顆純真之心即是塔利斯曼，集齊三粒塔利斯曼，傳說(shuō)中擁有極強(qiáng)大力量的圣杯就會(huì)出現(xiàn)。首先被心魔襲擊的人就是小麗，其它戰(zhàn)士想救她，但這次的敵人太強(qiáng)，眾人不敵。突然有兩位神秘的新戰(zhàn)士出現(xiàn)，消滅心魔，她們的目的也是找尋心能水晶。小兔和小衛(wèi)的愛產(chǎn)生了新的月棱鏡，小兔獲得更強(qiáng)大的新力量，對(duì)抗逼近的新敵人。阿兔她們認(rèn)識(shí)了兩個(gè)讀無(wú)限學(xué)園高中一年級(jí)的新朋友 -- 打扮像男生的天才賽車手天王遙和高貴優(yōu)雅的小提琴家海王滿，眾人都被她倆的風(fēng)采迷倒了。神秘的新戰(zhàn)士正式登場(chǎng)，原來(lái)是水手服戰(zhàn)士水手天王星和水手海王星，不過(guò)她們的力量比內(nèi)部戰(zhàn)士強(qiáng)，而作戰(zhàn)方式也很不同。轉(zhuǎn)眼來(lái)到六月，小兔的生日到了，她想要一對(duì)玻璃鞋作生日禮物，小衛(wèi)竟然不知道小兔快生日了，氣得小兔摑了他一記耳光。在眾人的提點(diǎn)下，小衛(wèi)跑去買了那對(duì)玻璃鞋，小兔也去找小衛(wèi)道歉。兩人在街上相遇，小衛(wèi)替小兔穿上玻璃鞋，心魔卻在此時(shí)出現(xiàn)，要奪走小兔的純真之心。混亂中，敵人嘉安莉蘭特拾到小兔的月棱鏡，知道小兔的真正身份，她捉住夜禮服假面，要脅小兔。小兔來(lái)到東京鐵塔，為救小衛(wèi)正準(zhǔn)備交出純真之心，水手天王星和水手海王星出現(xiàn)救了她。嘉安莉蘭特揭穿小兔就是水手月亮，眾人正驚訝，水手金星假扮水手月亮和其余戰(zhàn)士出現(xiàn)，騙倒嘉安莉蘭特。嘉安莉蘭特攻擊水手天王星和水手海王星，水手月亮說(shuō)服大家齊心協(xié)力，拯救她們兩人，終于戰(zhàn)勝了嘉安莉蘭特。
　　小小兔從未來(lái)回到現(xiàn)代，說(shuō)是新倩妮迪女王要她來(lái)這里修煉。內(nèi)部戰(zhàn)士中，現(xiàn)在只剩美奈子從未成為心魔目標(biāo)，她為了證明自己也擁有純真之心，于是不斷捐血，希望成為心魔目標(biāo)。她的舉動(dòng)令眾人擔(dān)心不已，連小遙和小滿也留意著她。終于心魔出現(xiàn)，取出美奈子的內(nèi)心結(jié)晶，有驚人意志的美奈子竟然抱著自己的內(nèi)心結(jié)晶跑到無(wú)人的地下停車場(chǎng)，小兔、小遙和小滿追著她來(lái)到停車場(chǎng)，然后心魔就把各出入口封閉了。阿兔為救美奈子，被逼在敵人尤迪愛和小遙、小滿面前變身，不過(guò)她仍不敵心魔。眼看美奈子的內(nèi)心結(jié)晶要被拿走，小遙和小滿也忍不住變身，成為水手天王星和水手海王星，救回美奈子。其它戰(zhàn)士已到門外，尤迪愛以美奈子的性命作要脅，正要攻擊時(shí)，美奈子也變身了，于是所有人的身份都暴露了。尤迪愛找到擁有心能水晶的人，于是約小遙和小滿到水上大教堂。教堂內(nèi)，尤迪愛捉住水手海王星，把她打到重傷，并取出她的內(nèi)心結(jié)晶，第一粒塔利斯曼出現(xiàn)，再變成深海鏡，水手海王星倒下。水手天王星把自己的塔利斯曼--宇宙劍取出，交給趕到的水手月亮后，也倒下了。尤迪愛搶走深海鏡和宇宙劍，并攻擊水手月亮。神秘女子冥王雪奈突然出現(xiàn)，變身成水手冥王星，用第三粒心能水晶 -- 權(quán)杖上的寶石拿回宇宙劍和深海鏡，塔利斯曼再次回到水手天王星和水手海王星的身體，三人的力量令圣杯出現(xiàn)。水手月亮和尤迪愛去搶圣杯，水手月亮奪得圣杯，進(jìn)行二段變身，輕易就打敗了尤迪愛。
　　敵人和外部戰(zhàn)士都發(fā)現(xiàn)水手月亮不是救世主，于是外部三戰(zhàn)士的新任務(wù)就是要找出救世主。戰(zhàn)士們認(rèn)識(shí)了土萌螢，她是無(wú)限學(xué)園教授土萌創(chuàng)一的女兒，身體不好。土萌教授其實(shí)是死亡變種的高級(jí)干部，而無(wú)限學(xué)園就是死亡變種的大本營(yíng)。小螢的身體好像有另一個(gè)人一樣，常常不受控制，說(shuō)出一些奇怪的話，又擁有醫(yī)治創(chuàng)傷的神秘力量。小小兔和小螢非常要好，內(nèi)部戰(zhàn)士們也贊成她們做朋友，只是外部戰(zhàn)士對(duì)小螢的力量存有懷疑。在一次戰(zhàn)斗中，心魔的攻擊打中小螢，小螢的額頭上出現(xiàn)土星標(biāo)記，證實(shí)了她就是毀滅戰(zhàn)士水手土星。外部戰(zhàn)士怕她會(huì)毀滅世界，想阻止她覺(jué)醒，但已經(jīng)太遲了，她的身體已被死亡變種占據(jù)，吞下了小小兔的內(nèi)心結(jié)晶后，變成了女主人9。一連串的事件，指出了無(wú)限學(xué)園就是死亡變種總部，眾人于是向無(wú)限學(xué)園進(jìn)發(fā)，迎戰(zhàn)逼近的黑暗……

U.C.（宇宙世紀(jì)）0079年，人類向宇宙發(fā)展并建立了多個(gè)巨大的衛(wèi)星，讓人類能夠居住在宇宙中。衛(wèi)星的居民們不堪忍受地球聯(lián)邦政府對(duì)其剝削和壓迫，遂宣布獨(dú)立，更組建軍隊(duì)與地球聯(lián)邦政府決一雌雄。在戰(zhàn)爭(zhēng)中雙方先后開發(fā)了機(jī)動(dòng)戰(zhàn)士并投入戰(zhàn)場(chǎng)。NEWTYPE少年阿姆羅·雷無(wú)意中駕駛上聯(lián)邦軍新開發(fā)的機(jī)動(dòng)戰(zhàn)士高達(dá)，卷入后來(lái)被稱為“一年戰(zhàn)爭(zhēng)”中，并與其宿敵夏亞·阿茲納布爾相遇。