這里是某中學(xué)的理科室————。科學(xué)部部長(zhǎng)上野，是戀慕著部?jī)?nèi)學(xué)弟田中的戀愛少女。她使用天才過頭的異想天開發(fā)明品，采取各種手段試圖吸引田中的注意。一年級(jí)的部員山下也以沉著冷靜的輔助來支援上野！上野的戀情究竟能否成功！？

　　這是一個(gè)神族、魔族和人類混居的世界，久而久之，人們竟然也習(xí)慣了這種不尋常的生活。故事發(fā)生在國(guó)立巴貝那學(xué)園之中，土見稟（杉田智和 配音）是一位平凡的少年，童年時(shí)期的悲慘遭遇令他早早失去了父母，目前寄宿在青梅竹馬芙蓉楓（后藤邑子 配音）的家中，兩人每天一同上課放學(xué)，彼此之間感情十分要好。
　　莉希安薩斯（青木沙耶香 配音）是神王的女兒，個(gè)性活潑開朗，擅長(zhǎng)料理和運(yùn)動(dòng)；奈莉奈（松永雪希 配音）是魔王的女兒，在擁有高超智商的同時(shí)亦有著宛如天使的鐘聲一般美妙的歌喉。當(dāng)兩位純潔的少女因?yàn)槟钅畈煌?jīng)的邂逅而來到土見稟的身邊后，會(huì)發(fā)生怎樣有趣的故事呢？

　　故事發(fā)生在遙遠(yuǎn)的“豬玀紀(jì)”，那是一個(gè)由豬統(tǒng)治地球的年代。那時(shí)，小動(dòng)物們對(duì)地球上各種資源開始了無節(jié)制地開采，導(dǎo)致整個(gè)地球?yàn)鯚熣螝猓匀画h(huán)境受到嚴(yán)重破壞。為了保護(hù)環(huán)境，扭轉(zhuǎn)地球生態(tài)惡劣的局面，“豬豬俠”克服重重困難，終于研制出了一個(gè)具有神秘力量的“魔法智慧球”，自己卻陷入到三千年才可輪回轉(zhuǎn)世的魔咒當(dāng)中，離開了人世。
　　他把“魔法智慧球”交付給了當(dāng)時(shí)身份是廚師的王小二，并叮囑他一定要完成拯救地球環(huán)境的使命。然而后來王小二背信棄義，利用“魔法智慧球”開創(chuàng)自己的王國(guó)，對(duì)地球環(huán)境的破壞更是變本加厲，人類生存苦不堪言。

　　美術(shù)大學(xué)五人組的故事仍在繼續(xù)。竹本（神谷浩史 配音）結(jié)束了尋找自我的單車之旅，在盛放煙火的晚上對(duì)阿久（工藤晴香 配音）說出了那句“我喜歡你?！鄙教铮ǜ邩蛎兰炎?配音）依舊陷在單戀真山（杉田智和 配音）的泥沼中，野宮（濱田賢二 配音）的出現(xiàn)成了泥沼里一株逃脫的稻草；真山則繼續(xù)追尋著理花（大原沙耶香 配音），勝利的曙光在不遠(yuǎn)處；森田（上田佑司 配音）和阿久，兩個(gè)天才的兮兮相惜，能否換來最后的相守。
　　時(shí)間在四季輪回中流逝，微小的變化一點(diǎn)點(diǎn)積攢成為不可忽視的轉(zhuǎn)折點(diǎn)。五人都面臨著新的人生，各奔東西。已逝去的奇跡般的歲月，并不會(huì)消失，而成為永久的回憶，在內(nèi)心轉(zhuǎn)動(dòng)。改編自同名漫畫的《蜂蜜與四葉草》故事也走向終點(diǎn)，但對(duì)于他們，這則是新的起點(diǎn)。