小鈴（能年玲奈 配音）是一個整日里慢慢騰騰迷迷糊糊的姑娘，最大的愛好就是畫畫。眼看著到了嫁人的年紀(jì)，在父母的安排下，小鈴來到了吳市，嫁給了名為北條周作（細(xì)谷佳正 配音）的男子，成為了北條家的媳婦。

21世紀(jì)初，人類將多數(shù)人留在被哥斯拉蹂躪的地球上，僅使被選中的人們乘上恒星間移民船·阿拉特拉姆，前往能夠移居的“約定之地·τ星e”。但這一計劃失敗，人類只得再度返回地球。而長距離亞空間航行所引發(fā)的時空歪曲，導(dǎo)致人類回到的地方變成了“兩萬年后的地球”。在這個地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉襲擊的同時，與?？宋鞲ァ⒈葼柹碃柕聝煞N族的異星人共同實行謀劃了20年的“對哥斯拉戰(zhàn)術(shù)”，通過殊死戰(zhàn)斗成功擊倒了哥斯拉。
　　但喜悅并未持續(xù)多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”現(xiàn)身了。兩萬年間持續(xù)成長生存、身高300米、質(zhì)量超過10萬噸，在進(jìn)化成這種姿態(tài)的超巨大哥斯拉壓倒性的破壞力面前，晴男等人落花流水。
　　拯救了晴男的是被視為人類的殘存者“弗圖亞”之民，米亞娜。弗圖亞是他們在這個地球首次遇到的人型生命種族。他們會是人類的子孫嗎——?！案D亞的神也被哥斯拉擊破，如今只剩下卵。挑戰(zhàn)者、抗?fàn)幷?，全部被火焰吞噬而消失了”面對這樣的他們，晴男回應(yīng)道“這是以人類的雙手奪回地球的最后機(jī)會了”。
　　另一方面，比爾沙爾德的指揮官·加爾格，注意到弗圖亞使用的箭頭是由“自律思考金屬體·納米金屬”所制造而歡喜。這和21世紀(jì)他們在富士山麓作為“對哥斯拉決戰(zhàn)兵器”所開發(fā)、在啟動前遭到破壞的“機(jī)械哥斯拉”由同種物質(zhì)所構(gòu)成。這正是當(dāng)時的開發(fā)設(shè)備至今仍然殘存的證明——。

捕快郝龍霄以緝捕潛逃重犯為己任，過著不貪功名只愛財?shù)腻羞b生活，但看似一片盛世的長安實則詭事頻出，并不太平，郊外回城的王將軍被人截下，攔路的美艷少女忽然幻化成巨蛇，而王將軍亦顯露猩猩真身，與之纏斗一番，場面驚天動地。等到捕快郝龍霄知曉時，王將軍已經(jīng)身死躺在靈堂上，這樁兇案他能否憑一己之力偵破，對抗邪惡，保長安百姓太平。 長安兵變平叛未竟，人心浮動，當(dāng)朝皇帝準(zhǔn)備借給太上皇大辦壽宴，開倉放糧來安定民心?；毛F妖魔之王鬼車欲借此大擺先天陣法，吸聚百姓精血，顛覆人類，以幻獸來控制世界。長安大理寺捕快郝龍霄，前身為皇帝貼身侍衛(wèi)“十六衛(wèi)”之一，神功蓋世。為救被妖獸傷害的妹妹李夢璃，不料被鬼車所利用，為其歷盡艱險，奪得先天陣法所必需各類法器，當(dāng)陣法開啟，郝龍霄識破鬼車的驚天陰謀，與之展開生死搏斗，危急關(guān)頭郝龍霄神門洞開，才知自己前生乃幻獸圖騰之神—鳳，鳳與鬼車的正邪較量，驚天地泣鬼神，最終鳳與鬼車合為一體，火燒涅槃，同歸于盡，拯救了黎民蒼生。