衛(wèi)斯理（劉德華）是聯(lián)合國(guó)外星生物分析局的特別成員，負(fù)責(zé)處理地球上一切和外星生物有關(guān)的事件。某次在古董店參觀一塊奇異的藍(lán)色“人骨”時(shí)，衛(wèi)斯理遇到少時(shí)曾有過(guò)一面之緣的、外表看來(lái)和一般美女無(wú)異的、血液是藍(lán)色的外星人方天涯（關(guān)芝琳），當(dāng)他想將其留住時(shí)，方天涯消失了。古董店附近發(fā)生了一宗外星生物突襲事件，美國(guó)隸屬FBI的外星生物調(diào)查機(jī)構(gòu)接到上級(jí)命令，派出隊(duì)中精英白素（舒淇）和白奇?zhèn)ィ◤堃珦P(yáng)）兄妹領(lǐng)隊(duì)到現(xiàn)場(chǎng)調(diào)查，眾人與具有A級(jí)戰(zhàn)斗力的外星生物展開(kāi)交戰(zhàn)。聞得風(fēng)聲的衛(wèi)斯理也前來(lái)助陣，無(wú)奈不敵強(qiáng)大的敵手身受重傷，方天涯及時(shí)現(xiàn)身以奇異力量救出衛(wèi)斯理，兩人就此開(kāi)始一段離奇情緣。

故事發(fā)生在第一部的四年之后，此時(shí)特警K（湯姆?李?瓊斯 飾）已經(jīng)退休，成為一名普通的郵局局長(zhǎng)，而J（威爾?史密斯 飾）則繼續(xù)從事MIB的工作。 　　卡洛瑟星邪惡女王蛇蓮娜來(lái)到地球需找宇宙能量“薩塔之星”，占領(lǐng)了MIB的總部。而當(dāng)年逃亡到地球的薩塔公主蘿娜曾請(qǐng)求MIB把 “薩塔之星”藏在地球，全面負(fù)責(zé)這件事情的K為了地球的安全，拒絕了她。 　　面對(duì)來(lái)勢(shì)洶洶的蛇蓮娜，MIB派J去尋找k，調(diào)查當(dāng)年事件的真相，怎樣說(shuō)服失去記憶的K相信外星人的存在，成了J面臨的第一個(gè)難題……

正當(dāng)幾個(gè)平凡的少年無(wú)意發(fā)現(xiàn)了一處古怪的外星武器基地時(shí)，外星人突然出現(xiàn)搶回了武器，并聲稱(chēng)要?dú)绲厍颉Ｑ巯?，獲得改變時(shí)空能力的少年們，是地球上唯一能對(duì)抗百萬(wàn)外星人入侵的防衛(wèi)力量。