文月學(xué)園采用根據(jù)科學(xué)、偶然性和神秘學(xué)所開發(fā)的“測驗(yàn)召喚系統(tǒng)”，讓感嘆學(xué)歷低落的學(xué)生之間掀起了一股新的風(fēng)潮。在這所依照分班考試成績嚴(yán)格實(shí)行分班的學(xué)園里，男主角吉井明久自信滿滿地等待著測驗(yàn)結(jié)果，結(jié)果卻被分到最差的班級(jí)F班！同時(shí)，考試坐在明久身邊的姬路瑞希因病患發(fā)作，優(yōu)異的成績作廢，同樣被分到F班。明久為了改善瑞希的學(xué)習(xí)環(huán)境，只能盡用班級(jí)之間的測驗(yàn)召喚戰(zhàn)爭提升設(shè)備。

《百花繚亂 武士少女》是日本ホビージャパン（Hobby JAPAN）出版社創(chuàng)業(yè)40周年的跨媒體制作企畫。該企畫的小說作者為日本的編集者、著作家·鈴木ドイツ（すずきあきら）【鈴木曉】。同時(shí)TV動(dòng)畫也預(yù)計(jì)在2010年10月開始在獨(dú)立UHF局以及AT-X電視臺(tái)播放。但在2010年9月3日在TOKYO MX電視臺(tái)先行播放了第一話。
故事發(fā)生在21世紀(jì)初葉的日本，此時(shí)的年號(hào)是“平誠”。雖然鎖國政策已經(jīng)完結(jié)，但德川幕府的統(tǒng)治還在繼續(xù)。在富士山的山腳有一間巨大教育機(jī)構(gòu)·武應(yīng)學(xué)園塾。這里的部分學(xué)生對(duì)德川家進(jìn)行反抗，學(xué)生會(huì)執(zhí)行部稱其為“豐臣狩獵”，并對(duì)其進(jìn)行鎮(zhèn)壓。本作的主人公、柳生道場的代理師傅·柳生宗朗雖世代為德川效力，但他卻對(duì)執(zhí)行部的鎮(zhèn)壓行動(dòng)抱有疑問，為此卻被學(xué)生會(huì)命令撤走道場。撤走期限即將來臨之際的一天晚上，宗朗與真田幸村后藤又兵衛(wèi)被學(xué)生會(huì)直轄部隊(duì)追殺逃進(jìn)柳生道場秘密房間后，突然從天空墮下一名手持雙刀的全裸美少女。自稱柳生十兵衛(wèi)三嚴(yán)的少女擊退了強(qiáng)襲道場的服部忍者，從此之后，就有眾多日本歷史上的武將以少女身份出現(xiàn)在宗朗面前。