大約 100 年前。為了尋求在母星中枯竭的生命能量”阿比特“的機械生命體從異次元來訪。它們?yōu)榱舜┧蟠卧?，將姿態(tài)收縮到手臂模樣，降落在”阿比特“豐富的地球上，通過寄生在其他生物上而得以在地球上生活，并與一部分人類秘密接觸，開始尋找”阿比特“。人們將那個模樣的它們稱為“機械臂”。
　　時間來到現代。某個封印著“機械臂”的立方體從大企業(yè)“鏡集團”的研究設施中遺失了。偶然發(fā)現那個的普通中學生·光解開了立方體的封印。從那里出現的是沉眠了 100 年的“機械臂”阿爾瑪。阿爾瑪想要寄生在光的身上……光和阿爾瑪的奇妙共同生活就這樣意外開始了。

故事講述無聊的神明們制作了一個終極益智游戲《諸神的游戲》，從冰里長眠3000年，熱愛游戲的前神明少女レオレーシェ蘇醒后做出宣言，「帶上這個時代最會玩的人！」，而被指名的フェイ是備受期待成為「近年最強的新人」的使徒，兩人共同挑戰(zhàn)難度極大且還沒有人類能完全攻略的《諸神的游戲》。

高町奈葉（田村由香里 配音）是一位平凡的高中三年級學生，某日，在上學的路上，她同來自異世界米德其路達的尤諾（水橋香織 配音）相遇了。尤諾告訴奈葉，她正在尋找遺落人間的太古遺產“圣石之種”，這種珍貴的寶物蘊藏著巨大的能量，如果棄之不顧有可能在人間界造成巨大的破壞，接二連三的波折之后，奈葉成為了幫助尤諾回收種子的魔法少女，開始了一段充滿了危險和刺激的奇幻旅程。某日，一位名叫菲特（水樹奈奈 配音）的金發(fā)少女出現在了奈葉的面前，她和奈葉一樣同為回收種子的魔法少女，也就是說，她們的關系是競爭者。奈葉能夠打敗這樣一位強勁的對手嗎？對于菲特來說，溫柔而又努力的奈葉又是一種怎樣的存在呢？