本季繼續(xù)講述超人在大都會打擊犯罪、保護(hù)地球的故事，同時擴(kuò)展了DC宇宙，加入了蝙蝠俠、海王、未來正義聯(lián)盟成員等角色，并深入塑造了達(dá)克賽德作為終極反派的威脅。本季介紹了多個強(qiáng)大敵人，包括控制火焰的妖姬、制造人偶的玩具人、以及第五維度的密克西施匹特里克。蝙蝠俠失蹤后，超人偽裝成蝙蝠俠，與羅賓聯(lián)手調(diào)查，最終發(fā)現(xiàn)布萊尼亞克在幕后操縱；正義聯(lián)盟成員穿越時空，阻止布萊尼亞克在克拉克還是少年時就試圖消滅他；達(dá)克賽德發(fā)動全面戰(zhàn)爭，導(dǎo)致大都會陷入戰(zhàn)火，超人奮力抵抗，最終失去好友丹·特克，陷入悲痛；最終戰(zhàn)役中，超人被達(dá)克賽德洗腦，誤以為自己是阿普考利斯的戰(zhàn)士，導(dǎo)致他短暫成為地球的敵人。盡管他最終恢復(fù)清醒，但人類開始對他產(chǎn)生恐懼和不信任，影響深遠(yuǎn)。這一季不僅讓超人面對更大的挑戰(zhàn)，也為《正義聯(lián)盟》動畫系列埋下伏筆，特別是超人與達(dá)克賽德的宿敵關(guān)系成為未來劇情的重要核心。