《云奇飛行日記（第二部）》主要講述云奇和一群新朋友一起在團團飛行學校發(fā)生的開心的事情和一些津津有味的故事。 云奇的夢想是做環(huán)繞世界一周的旅行飛行，截止目前團團機場還沒有一架飛機去過世界的各個機 場，云奇決定成為團團機場第一架環(huán)游世界的飛機，但是大家都認為作為小型機的云奇在沒有通過長距離和艱難航道的考試，環(huán)繞世界一周是不可能的，但是云奇認為他可以實現(xiàn)，云奇在為自己的環(huán)球飛行計劃進行緊張的籌備，并選擇在一天臺風來的那天，大家無暇顧及他的時候開始進行環(huán)繞世界一周的旅行……但是，就像我們想象的那樣，云奇被臺風影響，陷入墜機的危機中。通過迫降，云奇終于回到了團團機場，但是從那天之后，云奇被暫停禁止飛行。環(huán)繞世界一周的計劃失敗了，云奇很不開心。看到云奇這個樣子，團團機場的綜合控制塔妮妮和團團機場的朋友們都很擔心。最后團團機場的綜合控制塔妮妮和云奇提了一個特別的約定——進入“團團飛行學?！蹦軌蛲ㄟ^最后的考試！

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10年的時間可以讓少年變成青年，可以讓性格溫順的乖學生變成脾氣暴躁性格別扭的上班族，讓很多事情被忘記，但有些事情卻永遠無法被洗刷掉。10年前的小野寺律（近藤隆 配音）暗戀著學長嵯峨前輩（小西克幸 配音）。得到前輩回應的律本以為就此可以幸福下去了，哪知因為誤會讓二人分離，一別10年。律被調到了出版公司的漫畫部門，而他的上司居然就是當年的初戀對象，雖然姓氏變了，但分明就是當初那人。嘴上說著麻煩死了討厭死了的律，心里卻依然會因為前輩的一點點溫柔而心動，難道他闊別10年愛上的人依然還是初戀對象么？一出出有趣又溫柔的故事在漫畫編輯部展開。                                    
                               　　除了律的場合，還有編輯部其他成員的故事，同樣精彩。

　　跟豬豬俠星航志同道合的新能源引擎專家馬力博士，加入超星車隊幫助突破雷普森集團的技術封鎖。賽車上的對手個個實力強勁，無論半決賽的出師不利還是星航的昔日師兄投身敵營，都予以超星車隊不小的打擊。豬豬俠星航重拾信心，迎難而上，最終登上比云山頒獎臺，也粉碎了雷普森集團

美術大學學生竹本和學長真山以及多次留級的森田一起生活在單身公寓里，大家的生活風清云淡卻也樂趣無窮。