自那之后已經(jīng)過去了5年。Amazon幾乎被驅(qū)除，世界趨于和平。但是被Amazon細(xì)胞感染的普通人Amazon化的現(xiàn)象在持續(xù)發(fā)生擴(kuò)大，為此政府組成了新組織4C，秘密驅(qū)除Amazon化的人類。
　　其中，幼年時期被Amazon養(yǎng)大的少年·千翼變身假面騎士Amazon Neo與Amazon戰(zhàn)斗。但在被生來的吃人沖動所驅(qū)使的他的面前出現(xiàn)的是，變身為烏鴉Amazon并作為生物兵器戰(zhàn)斗的少女·優(yōu)。對于這樣的優(yōu)，他第一次沒有產(chǎn)生“想吃”的想，并被她吸引著。而優(yōu)的真面目是被Amazon化的父親殺死后，作為Sigma型而復(fù)活的Amazon。

　　故事以只有女性能使用的世界最強(qiáng)兵器「Infinite Stratos（IS）」為中心，在女尊男卑的世界中，主角「織斑一夏」雖然身為男生卻能夠操縱 IS，為此他被強(qiáng)制進(jìn)入培育 IS 操縱者的學(xué)?！窱S 學(xué)園」，周圍理所當(dāng)然也都是女性，而女生們也對這位「世上唯一能夠使用 IS 的男性」感到興趣，就此展開了許多趣味橫生的學(xué)校生活。