2100年，地球能源已接近枯竭，環(huán)境污染日趨嚴重。.. 為了實現(xiàn)地外星系探索計劃，人類制造了名為賽爾的機器人，并建造能源探索飛船賽爾號。在宇宙探索過程中，他們還發(fā)現(xiàn)了外星精靈，這些精靈們成為了賽爾機器人探尋新能源的重要幫手和伙伴。而以宇宙海盜歐比組織為首的邪惡勢力正在肆意掠奪宇宙資源，為了挫敗他們的陰謀，英勇的賽爾們和正義的精靈伙伴們一起為守護宇宙和平而戰(zhàn)……

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　　該片講述的是《鐵膽火車俠》幾年之后的故事，部分人物的聲優(yōu)有變更?；九c《鐵膽火車俠》一樣是面向小學生的作品。前作的主人公哲雪在故事的最后幾集登場。
　　鐵膽火車俠與黑魔頭兩軍離開數(shù)年后。由于黑魔頭軍再沒有入侵地球的事被判明，JHR基地 面臨著被封閉的命運。不過現(xiàn)在，黑魔頭軍又再度襲來。他們的目的是為了帶給人類不幸，并利用人類小學生圣橋健太來協(xié)助他們做壞事。期間健太誤入了500系新干線所行使的鐵軌上而快要被火車撞到。就在這時，光能量從宇宙飛來并與500系新干線合體，鐵膽火車俠Lightning West變形！鐵膽火車俠與黑魔頭軍的戰(zhàn)斗又再度展開了。

年幼的愛力克兄弟十分思念去世的母親，不惜觸犯煉金術中最大的禁忌，進行了人體煉成?？墒菬挸墒×?，哥哥愛德華失去了左腿與右臂，弟弟阿爾馮斯失去了肉體，只能把靈魂附身在一副鎧甲上。為了償還他們自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了尋找傳說中的“賢者之石”的旅程。幾年后，一位右臂與左腿都是由“機械鎧甲”替代的國家煉金術士出現(xiàn)在人們的眼前，他被稱作“鋼之煉金術師”。