女媧大神為了造福蒼生而創(chuàng)造的神兵獸，在新一輯故事中再次面臨挑戰(zhàn)！黑暗勢力元始天魔千方百計將神兵小將和神獸引領(lǐng)到神秘島國——「山外山」；天魔希望利用神兵小將的純潔和正義，獲得「山外山」五大守護(hù)圣獸的信任，將其圣潔的力量交予問天和天晶獸；然后再指使大壞蛋——無敵盟主看準(zhǔn)時機(jī)，從他們身上奪取圣獸的力量以解除封印，美麗的宇宙隨即陷入被毀滅的恐慌之中。在「山外山」旅程后，「神獸之鄉(xiāng)」的旅程又拉開帷幕。問天等人來到神獸學(xué)校修煉，居然卷入了一場布偶戰(zhàn)爭之中——布偶王子想讓所有神獸變成木偶！可是經(jīng)過詳細(xì)的調(diào)查，發(fā)現(xiàn)外表邪惡來自于布偶樂園的布偶王子，竟是寬容與純真的兄弟！幕后主使的壞蛋三兄弟和蓋世太保（把寬容等人的三兄弟分散的邪惡神獸）在布偶王子背叛他們后趁機(jī)綁架布偶王子！他們一行人又怎么克服此次困難呢？

經(jīng)過一番艱苦鏖戰(zhàn)，救世主戰(zhàn)部渡（瓦塔諾）終于和伙伴們打敗了多古達(dá)及其暗黑軍團(tuán)，創(chuàng)界山（左開山）再次回復(fù)原本的秀美景色。在此之后，渡回到人類世界，和朋友們過著快樂的生活。然而好景不長，多古達(dá)的弟弟多壞達(dá)入侵與創(chuàng)界山息息相關(guān)的南斗七星星界山，七色彩虹失去色彩，黑暗重新籠罩大地。在這危急時刻，創(chuàng)界山的人民重新找回渡，請求他打敗多壞達(dá)軍團(tuán)。渡從圣龍殿女王那里得到許多有用的道具，隨后和龍神丸、忍部火美子（希米格）飛往星界山，與先行前往的劍部施巴拉古大師和古拿瑪會合。激烈的正邪大戰(zhàn)再一次拉開序幕……本片為《魔神英雄傳》系列第二部。