變形聯(lián)盟和海澄合力擊敗敵人，平溪市再次回歸和平。然而時(shí)空能量異常波動(dòng)情況卻愈演愈烈，導(dǎo)致現(xiàn)實(shí)世界與平行宇宙發(fā)生交錯(cuò)產(chǎn)生了時(shí)空歧點(diǎn)，時(shí)空獸也隨之出現(xiàn)。就在變形聯(lián)盟忙于對(duì)付時(shí)空獸修復(fù)時(shí)空歧點(diǎn)時(shí)，茜卡與雙子星匯合，策劃了一系列針對(duì)變形聯(lián)盟和平溪市的侵襲行動(dòng)，也趁亂奪走沉睡在基地中的蟲王卵。阻止時(shí)空錯(cuò)亂，抵抗浩肯星侵襲，面對(duì)雙重壓力和危機(jī)，變形聯(lián)盟和海澄毫不退縮。但在一連串的強(qiáng)攻之下眾人逐漸失去自我，在海澄的幫助下恢復(fù)斗志，最終一起擊敗強(qiáng)大敵人，守護(hù)了時(shí)空秩序與地球和平。

男主角王小修，是個(gè)普通的大學(xué)生，他暗戀同學(xué)沈瑤卻不敢表白，意外得知女神對(duì)自己的好感后，被壞人盯上，然而當(dāng)自己在橋上面對(duì)脅迫時(shí)，反擊并沉入河水，意外獲得宇宙終極系統(tǒng)，王小修走上逆襲之路。