小智、皮卡丘、長尾怪手終于到達(dá)神奧地方。小智在打電話給大木博士的途中遇到了火箭隊的突襲而同皮卡丘失散，便與長尾怪手立刻出發(fā)尋找皮卡丘的身影；另一方面，新人訓(xùn)練家小光的媽媽彩子曾是頂尖協(xié)調(diào)訓(xùn)練家，小光亦想成為頂尖協(xié)調(diào)訓(xùn)練家，于是由雙葉鎮(zhèn)出發(fā)展開路程。在其后，小智的同伴小剛歸隊，二人邂逅了小光。自此，三人一同結(jié)伴旅行。幾經(jīng)辛苦，小光終于集齊5枚緞帶徽章，她在神奧華麗大型慶典表示出色，首次參加便晉級至決賽，但在決賽以稍微差距敗于好友小望；小智亦集齊8枚徽章，他在神奧聯(lián)盟有好開始，在第1回戰(zhàn)打敗尚志，第2回戰(zhàn)打敗某女路人，第3回戰(zhàn)(16強(qiáng))打敗考平，8強(qiáng)更打敗真司，可是他無法勢如破竹而在準(zhǔn)決賽慘敗于達(dá)克多，4強(qiáng)出局。神奧之旅隨著神奧聯(lián)盟結(jié)束而來到尾聲，小智及小剛曾邀請小光一同前往關(guān)都地方，但小光因卷卷耳被邀請而不能前來，當(dāng)天日落，小智在碼頭上和小光以最后一次擊掌道別，與皮卡丘及小剛乘船返回關(guān)都地方。翌日日出后，小智和小剛回到關(guān)都地方，在往真新鎮(zhèn)及尼比市的分叉路口，小智和小剛握手及互相祝福對方后正式告別。小智和皮卡丘終于看見真新鎮(zhèn)，他們跑進(jìn)返回真新鎮(zhèn)前的最后一段路，神奧之旅正式劃上句號。