應(yīng)該是從遙遠(yuǎn)的宇宙彼方K隆星來侵略地球的KERORO小隊(duì)，在劇場版中卻將地球從可怕的危機(jī)中拯救出來……這一次，KERORO軍曹的面前出現(xiàn)了最新！最惡！最強(qiáng)的敵人??！
　　故事講述冬樹與KERORO小隊(duì)一起去印加帝國的馬丘比丘足跡參觀，喜歡神秘事物的冬樹當(dāng)然是大為高興，可是KERORO的腦袋里面裝滿了要侵略地球的事情。他們在那里因?yàn)槊月范l(fā)現(xiàn)了遺跡，后來因?yàn)橥话l(fā)狀況而不得不從那里逃出。但在那時(shí)，冬樹一瞬間看見了一位佇立在迷途中的少女。抱著對少女的不解之迷，冬樹與KERORO回到了東京。不過這時(shí)，最強(qiáng)的敵人出現(xiàn)在了他們面前。樣子和KERORO一模一樣，但與KERORO不同天空対決戦ｔテンクウたい的是，他是要迅速且透徹地策劃侵略地球的黑暗KERORO。他帶領(lǐng)著部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各國開始了侵略行動(dòng)。而迎擊這一切的KERORO小隊(duì)的命運(yùn)是？……