《最后的99天》取材于真實(shí)的歷史事件，講述了解放前夕，在距新政協(xié)預(yù)定的會(huì)期還有99天之際，上海地下黨為了爭(zhēng)取并掩護(hù)民主人士北上參加第一屆新政協(xié)會(huì)議，一對(duì)同父異母的兄弟即共產(chǎn)黨人肖昆和國(guó)民黨軍官肖鵬之間，展開(kāi)殊死搏斗的故事。

故事描述一個(gè)愛(ài)爾蘭女人（Sharon Horgan）與一個(gè)美國(guó)男人（Rob Delaney）在英國(guó)倫敦相遇并相愛(ài)，但對(duì)文化差異巨大的兩人來(lái)說(shuō)，在一起生活并非易事。

　　故事發(fā)生在上個(gè)世紀(jì)三十年代的上海，這個(gè)號(hào)稱“東方巴黎”的中國(guó)東方大都市醞釀著重重危機(jī)，國(guó)民黨與共產(chǎn)黨十年內(nèi)戰(zhàn)的硝煙未散，日本軍國(guó)主義的侵略魔爪卻悄然而至。

　　外表清新可人的林小溪（李小璐 飾）是一個(gè)美麗的女大學(xué)生，可是過(guò)于追求愛(ài)情的她卻做出了未婚先孕的荒唐事。丟掉了學(xué)業(yè)的她輾轉(zhuǎn)追隨一度銷聲匿跡的男友唐進(jìn)（張鐸 飾），本以為這是一段值得付出一切的完美愛(ài)情，誰(shuí)曾想對(duì)方不過(guò)是游走花叢中的狂蜂浪蝶。唐進(jìn)同時(shí)在和富家女葛虹（潘雨辰 飾）交往，為了賺錢誰(shuí)知在藥廠的幌子下制造毒品。不小心獲知真相的小溪難以置信，為了保護(hù)孩子免遭毒手，她用刀刺死了喪失人性的唐進(jìn)。清純女孩轉(zhuǎn)眼變成張皇失措的逃犯，在此期間得到善良男子胡慶（孫松 飾）的照顧。
　　與此同時(shí)，葛虹發(fā)誓找到殺害唐進(jìn)的女人，而刑警肖東亭（荊浩 飾）也不斷追查毒品以及發(fā)生在自己身上悲劇的幕后真相……

　　本劇講述了在抗日戰(zhàn)爭(zhēng)最艱苦的歲月里，醫(yī)生楊冠雨和副縣長(zhǎng)杜松山雖身在大后方卻心系戰(zhàn)局，支援前線，拯救民眾，與大發(fā)國(guó)難財(cái)?shù)母瘮」倭胚M(jìn)行斗爭(zhēng)的故事。愛(ài)恨情仇、生死纏綿，熱淚和鮮血鍛造出偉大的人格。
　　全劇波瀾迭起，人物鮮明，描繪出抗戰(zhàn)大后方一幅耐人尋味的歷史畫(huà)卷。
　　1938年武漢失守，楊冠雨受國(guó)民政府委派，帶著助手謝霖來(lái)到大后方玉城籌建傷兵醫(yī)院，沒(méi)想到玉城名醫(yī)項(xiàng)鴻年在家中被人暗殺，由他掌管的傷兵醫(yī)院巨額籌建款不翼而飛……抗日英雄副縣長(zhǎng)杜松山著手調(diào)查此案，耿直的杜松山與楊齟齬不斷，卻被楊發(fā)現(xiàn)頸椎中的殘留彈片而急需手術(shù)……杜成了楊到玉城以后的第一個(gè)病人。楊冠雨與何雪珍邂逅，一見(jiàn)鐘情，卻不知何雪珍與杜松山早有婚約……
　　為了揪出幕后黑手，杜與女共產(chǎn)黨員方淑云演了一出苦肉計(jì)，那黑手其實(shí)就是玉城縣縣長(zhǎng)駱元發(fā)，駱元發(fā)舍卒保車，縣長(zhǎng)助理老潘拒捕，被杜松山擊斃。為此方淑云也付出了代價(jià)，被譴回原籍—已經(jīng)淪陷了的武漢。杜為了解救方而向其求婚，而楊何也終成眷屬，二對(duì)新人同日結(jié)婚，卻遭遇日軍空襲玉城……楊冠雨發(fā)現(xiàn)玉城的重重黑幕，為討回醫(yī)療款與駱元發(fā)結(jié)仇。謝霖多年前曾受日本人引誘，簽署過(guò)合作書(shū)，日本特務(wù)石原找上門(mén)來(lái)，威脅謝協(xié)助炸掉傷兵醫(yī)院和煉鐵廠，謝在最后的關(guān)頭懺悔了，保住了傷兵醫(yī)院，煉鐵廠化為焦土，石原被俘自殺，謝精神幾近崩潰，行蹤被駱元發(fā)發(fā)現(xiàn)，駱利用謝的膽怯誣陷楊冠雨通敵叛國(guó)……回龍鎮(zhèn)爆發(fā)鼠疫，杜立下生死狀力保監(jiān)獄中的楊冠雨出任疫情總指揮，幾個(gè)月的奮戰(zhàn)楊冠雨帶著他的醫(yī)療隊(duì)與死亡爭(zhēng)分奪秒……就在制服鼠疫之時(shí)，駱派出的殺手已經(jīng)悄然而至，方淑云為保護(hù)楊犧牲，留下遺腹子杜鐵……
　　歲月無(wú)痕，抗日戰(zhàn)爭(zhēng)已經(jīng)經(jīng)歷了第八個(gè)年頭，堅(jiān)信“中國(guó)必?cái)　钡鸟樃有暮菔掷?，而感情失意的謝霖也遷怒于楊，二人勾結(jié)起來(lái)，誣陷楊販賣毒品，并設(shè)下圈套陷害何雪珍，楊為了保護(hù)何只得承擔(dān)罪名。他堅(jiān)守著醫(yī)者的信念，卻放棄了醫(yī)生的尊嚴(yán)。何痛不欲生，選擇了與駱同歸于盡……遠(yuǎn)征軍歸來(lái)帶來(lái)瘟疫，玉城岌岌可危，杜率軍對(duì)峙一觸即發(fā)，楊冠雨以人格的力量阻止了一場(chǎng)惡斗，杜為保護(hù)楊身中數(shù)槍，生死未卜……勝利的日子已經(jīng)來(lái)臨，楊冠雨在玉城的歡呼聲中走向手術(shù)臺(tái)，手術(shù)臺(tái)上是他的兄弟、朋友、曾經(jīng)的情敵、現(xiàn)在的戰(zhàn)友—杜松山。

　　1942年,日本鬼子實(shí)施鐵壁合圍,對(duì)山東人民進(jìn)行慘絕人寰的屠殺,在團(tuán)長(zhǎng)崔洪年的帶領(lǐng)下,八路軍舍生忘死營(yíng)救百姓,與山東人民結(jié)下骨肉深情。
　　韓鐵匠祖?zhèn)鞯那帻埖恫恍衣淙肴湛苁种?韓鐵匠舍身護(hù)刀,與寶刀同歸于盡。臨終留下遺言,希望徒弟們團(tuán)結(jié)一心,共同打出寶刀,報(bào)效國(guó)家。
　　鐵匠鋪二徒弟林成鋒,在八路軍團(tuán)長(zhǎng)崔洪年的影響感召下,走進(jìn)了革命隊(duì)伍,而師哥孟德彰則參加了國(guó)軍,兩個(gè)人選擇的道路不同,卻同時(shí)愛(ài)著師妹韓雅蘭。在一系列感情糾葛、愛(ài)恨情仇中,最終卻與真愛(ài)失之交臂。
　　師娘韓大娘積極擁軍,為了救八路軍的孩子小魯生,忍痛舍棄了自己的親骨肉。當(dāng)崔洪年得知魯生是自己的兒子時(shí),決定把孩子留給韓大娘,并默默保守這個(gè)秘密幾十年。
　　在改革開(kāi)放的新時(shí)期,省軍區(qū)司令林成鋒與已經(jīng)成為企業(yè)家的孟德彰、以及副市長(zhǎng)的韓雅蘭在個(gè)人利益、集體利益同國(guó)家利益發(fā)生矛盾的情況下,產(chǎn)生了激烈的沖撞。通過(guò)預(yù)備役的組建以及望海樓的拆除、大型機(jī)械運(yùn)輸?shù)葒?guó)防建設(shè)中的幾個(gè)重大問(wèn)題的圓滿解決,展現(xiàn)了老區(qū)人民,以黨和國(guó)家的利益為重,居安思危,增強(qiáng)國(guó)防觀念,繼續(xù)為國(guó)家的長(zhǎng)治久安無(wú)私的奉獻(xiàn)。
　　最終在韓大娘的主持下韓家?guī)熜置煤狭Υ虺鰧毜?完成了師傅的遺愿。