四谷友助（上村祐翔 配音）是一名中學三年級的男生，在班上友助屬于默默無聞的那類學生，他既不喜歡結(jié)交朋友，在課業(yè)上也平平無奇，總是獨來獨往。一天放學后，友助在意外中穿越到了異世界，讓友助震驚的是，他在這里竟然遇見了同班同學新堂衣宇（久保田梨沙 配音）和箱崎紅末（和氣杏未 配音），她們一個是班級里人氣極高的美少女，另一個則體弱多病，總是在病假中。然而，在這個世界里，他們?nèi)耸遣⒓缱鲬?zhàn)的伙伴。

　　曾經(jīng)，來自海洋的神秘敵人“塞壬”向人類發(fā)起了猛烈的進攻，“碧藍航線”的少女們憑借著她們鋼鐵般的意志與敵人奮勇作戰(zhàn)，最終擊敗了對手，守護了人類。然而，隨著時間的流逝，碧藍航線內(nèi)部因為理念的差異逐漸產(chǎn)生分化，衍生出了名為“赤色中軸”大的對立陣營。
　　被稱為“灰色的幽靈”的最強英雄企業(yè)（石川由依 配音）、每天都迷迷糊糊但關(guān)鍵時刻意外的頂用的拉菲（長繩麻理亞 配音）、雖然年紀不大但成熟體貼的大黃蜂（山本希望 配音），個性好強但心地善良的哈曼（伊藤明日香 配音），面對動蕩的時局，當這些少女們再一次被推上戰(zhàn)場，會發(fā)生怎樣的故事呢？

　　女媧娘娘為了造福人間，創(chuàng)造出了能夠幫助人類的神獸，哪知道邪惡而又貪婪的元始天魔利用了善良的神獸，將它們污染變?yōu)榱藲埍┑哪ЙF，驅(qū)使它們禍害人間，企圖就此成為統(tǒng)治世界的霸主。
　　問天（馬小冀 配音）是南宮城城主的兒子，一次偶然之中，他得到了神獸天晶獸（王凱 配音），讓問天沒有想到的是，天晶獸竟然幻化成為了神兵，擁有著足以打敗魔獸的強大力量。與此同時，問天的妹妹問雅（劉旭瑩 配音）從母親的血脈里遺傳了凈化之力，能夠凈化遭到黑暗力量侵蝕的神獸，在兄妹兩人無間的配合之下，正義的勢力逐漸的壯大起來。元始天魔眼看陰謀無法得逞，于是召喚出了更加強大的敵人玄天邪帝。

主角陸州穿越到異世大陸成為一個被圍攻的大魔頭，他有九個徒弟，個個都不是善茬，同時還遭遇各大門派圍攻主角門派的危機，好在系統(tǒng)金手指及時出現(xiàn)幫他渡過難關(guān)，之后便開啟了他的裝逼之路。 陸州一覺醒來成了世間最強大最老的魔頭祖師爺姬天道，他的九個徒弟威震天下且惡貫滿盈，如大徒弟幽冥教教主手下萬千魔眾，二徒弟劍魔一言不合就開殺戒。主角雖掌握無敵的修為，但調(diào)教這些惡徒是一大難題。 大徒弟于正海自負地認為自己最強，不愿接受指導，陸州便以身作則，讓他明白團隊合作的重要性，通過共同面對挑戰(zhàn)使他逐漸接受指導并學會團隊合作與尊重他人意見；二徒弟劍魔不受控制、攻擊性強，陸州安排他參與團隊活動，教導他控制情緒，使他學會與他人和平共處；七徒弟司無涯過度依賴師父，陸州鼓勵他參與挑戰(zhàn)，給予更多責任，讓他逐漸獨立，明白自己的能力價值并為團隊做出貢獻。在陸州的精心調(diào)教下，部分徒弟逐漸改變態(tài)度和行為，陸州也從調(diào)教徒弟的過程中獲得成長和滿足感。

　　故事以前作《科學小飛俠Crowds》的后續(xù)劇情展開。距離“立川事件”已經(jīng)過了一年，當初貝爾庫·卡切賦予爾乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推廣之下已在人類社會當中廣泛普及。然而仍然存在著對此感到不滿的人們，此時菅山遭到不明人士的襲擊，GATCHAMAN的全新戰(zhàn)斗就此揭開序幕。