故事以18世紀(jì)的歐洲為舞臺(tái)，在當(dāng)時(shí)的意大利某小鎮(zhèn)上，有著日本血統(tǒng)的孤兒天馬和喜愛繪畫的亞倫是一對(duì)摯友。某日亞倫受到大圣堂的神父 ( 睡神修普諾思) 的指引，去到一處被稱為“地面上的極樂凈土”的地方尋找“真實(shí)之紅”。在那里亞倫遇到了一個(gè)叫“潘多拉”的神秘少女，自此亞倫的身體開始發(fā)生了變化。
　　另一方面，受到天秤座的黃金圣斗士童虎的引薦，天馬決定前往希臘圣域接受圣斗士的訓(xùn)練。在圣域，天馬遇到了兒時(shí)的玩伴，同時(shí)也是亞倫的妹妹薩莎。幾年前被人收養(yǎng)的薩莎，原來(lái)竟然是女神雅典娜的轉(zhuǎn)世。
　　2年之后，天馬終于成為天馬星座的圣斗士。另一方面，受到潘多拉引導(dǎo)的亞倫，體內(nèi)的冥王哈迪斯的靈魂覺醒，并向圣域發(fā)動(dòng)全面進(jìn)攻……

　　古くより國(guó)の歴史を影から操ってきた闇の組織「死殻衆(zhòng)（しのがらしゅう）」。その長(zhǎng)である鹿沼鍛造が実子?疾風(fēng)（ハヤテ）に暗殺された。しかし、疾風(fēng)はそれを濡れ衣と主張。妹と仲間と共に死殻を抜けることを決意するが、疾風(fēng)は追っ手にやられて力盡き、妹?詩(shī)織の中に精神を託す――。1991年當(dāng)時(shí)、レンタルショップのみに置かれていた、複數(shù)のアニメ作品が入ったコミック雑誌感覚のビデオ「レンタマン」に収められたバトルアクション?！弗欹螗骏蕙蟆工扦贤杲Y(jié)せず、1992年に全4話「ハヤテ誕生」「日光の天狗」「南総の崩壊」「決戦」をまとめたビデオとLDがリリースされた。

某一日，人類平靜的生活因?yàn)橐环N名叫“獸”的生物的侵襲而徹底畫上了句號(hào)。當(dāng)最后的人類威廉（新井良平 配音）從沉睡之中醒來(lái)時(shí)，他發(fā)現(xiàn)，已經(jīng)500年過(guò)去了，而威廉的身上，承載了人類延續(xù)的最后的希望。這個(gè)世界上能夠和獸抗衡的，只有懂得如何使用圣劍的妖精，然而，這些妖精們將自己化為利劍，一旦能量耗盡就會(huì)面臨死亡的悲慘結(jié)局。在命運(yùn)齒輪的運(yùn)轉(zhuǎn)之下，威廉和妖精們相遇了。個(gè)性溫柔體貼的珂朵莉（田所梓 配音）、沉默寡言我行我素的奈芙蓮（上原明里 配音）、看上去懵懂無(wú)知其實(shí)高深莫測(cè)的艾瑟雅（Machico 配音）、率真直爽的菈恩托露可（荒浪和沙 配音），在她們的幫助之下，威廉能否奪回屬于人類的領(lǐng)地呢？

由于殘忍的分尸殺人事件頻發(fā)，世界各地人民陷入一片惶恐不安之中，然而元兇卻是人類未曾意料到的“寄生獸”。這些寄生生物的幼蟲侵入人類或動(dòng)物身體后，以寄生腦部為目標(biāo)，寄生完成后與腦部細(xì)胞同化，管理這個(gè)“死掉的身體”。它們能任意變形，能夠迅速吸收掌握人類知識(shí)，而它們的食物便是寄生體相同的物種。                                    
                               　　普通高中生泉新一（島崎信長(zhǎng) 配音）某天被一只奇怪的蟲子侵入身體并吞噬了右手，自此他不得不與寄生生物“右”共存。本性正直善良的泉新一不敢將這一變故告訴家人和朋友，然而他喜歡的人村野里美（花澤香菜 配音）似乎留意到他身體的變化。為了被寄生生物殺死的親友以及所有人類的未來(lái)，泉新一決心與其他完全體寄生獸進(jìn)行殊死搏斗。

故事發(fā)生在誠(chéng)教學(xué)園國(guó)中部，由于歷史悠久的緣故，許多不思議事件在校園中廣為流傳。某日，少年新谷真一（代永翼 配音）迷失在了猶如迷宮一般的校舍之間，夕陽(yáng)下，一個(gè)黑發(fā)少女的身影出現(xiàn)在了他的視線中。少女穿著真一沒有見過(guò)的古老校服，空洞的眼神里充滿了哀怨。難道，我遇見了幽靈？真一興奮的這樣想著。                                    
                               　　原來(lái)，幽靈少女名叫庚夕子（原由實(shí) 配音），15歲那年不幸去世，因?yàn)槭チ擞洃?，因此也想不起?lái)究竟是如何死去的，為此苦惱的夕子這才每日徘徊在校園之中，成為了眾多靈異事件的始作俑者。作為唯一能夠看見夕子存在的人，真一成為了尋找夕子記憶的頭號(hào)人選，一個(gè)名為“靈異調(diào)查部”的社團(tuán)就這樣成立了。