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　　衛(wèi)星區(qū)篇
　　以武藤游戲所在時(shí)代數(shù)十年后的童實(shí)野市為舞臺(tái)。那時(shí)的童實(shí)野市被稱為“新童實(shí)野市”，是一個(gè)根據(jù)身份高低分為上層地帶和下層地帶的階級(jí)社會(huì)，流行著使用被稱為“D輪（D Wheel）”的摩托車型決斗盤決斗的“騎乘決斗（Riding Duel）”?！〔粍?dòng)游星在新童實(shí)野市的下層地帶“衛(wèi)星區(qū)（Satellite）”中與同伴們一起生活著。因被對(duì)手——騎乘決斗的KING“杰克·亞特拉斯”偷走了自己最重要的卡“星塵龍（Stardust Dragon）”，為了把它奪回，游星逃出了衛(wèi)星區(qū)。
　　Duel of Fortune Cup篇
　　再會(huì)后的游星與杰克在Stadium進(jìn)行了騎乘決斗。在白熱化的戰(zhàn)斗展開途中，兩人的手臂突然出現(xiàn)了印記，最后伴隨著雙方的王牌龍互相攻擊，神秘的紅龍出現(xiàn)了。得知此事的治安維持局長(zhǎng)官雷克斯，將游星的同伴捉走作為人質(zhì)，強(qiáng)迫他參加優(yōu)勝者可以獲得向KING杰克的挑戰(zhàn)權(quán)的“Duel of Fortune Cup”大賽。在這個(gè)大賽里被雷克斯吸引過(guò)來(lái)的游星、超能力決斗者十六夜亞紀(jì)、天才決斗少女龍可、還有杰克4人、都覺醒為“紅龍的龍印者”，最后獲得優(yōu)勝的游星在與杰克的決斗中獲得了勝利，成為了新的決斗王。
　　暗印者篇
　　原來(lái)Fortune Cup是歌得溫為了集合龍印者所舉辦。另一方面，一群名為“暗印者”的決斗者已經(jīng)蠢蠢欲動(dòng)，他們能夠展開會(huì)令決斗者受到真實(shí)傷害的“黑暗決斗”，以及使用一種叫“黑暗同步”的新戰(zhàn)法，以及在背后控制他們的“地縛神”。游星以建造連接衛(wèi)星區(qū)和都市區(qū)的代達(dá)羅斯橋?yàn)闂l件，前往衛(wèi)星區(qū)阻止“暗印者”的計(jì)劃。
　　WRGP篇
　　與“暗印者”之戰(zhàn)半年后，連接衛(wèi)星區(qū)和都市區(qū)的橋梁終于完成，彼此的界線總算消失。全市還建造了大量專為騎乘決斗而設(shè)的高速公路，還開發(fā)了高速世界2取代以前的高速世界，世界大賽“WRGP”開幕在即，游星等人組成“5D'S隊(duì)“參賽。然而，新的威脅已經(jīng)悄悄地來(lái)臨——神秘組織“太一”的三皇帝出現(xiàn)，使用可以吸收同步怪獸的“機(jī)皇帝”欲圖毀滅童實(shí)野市，市區(qū)上空不時(shí)浮現(xiàn)不祥的黑影。雙方在大賽決戰(zhàn)相遇，這場(chǎng)戰(zhàn)斗的勝負(fù)將決定童實(shí)野市的存亡。
　　弧線搖籃篇
　　雖然阿波利亞被打敗，帶來(lái)毀滅的黑影正體”弧線搖籃“還是出現(xiàn)了，童實(shí)野市危在旦夕。而主使這一切的”Z-ONE（忘-我）“也終于浮出水面，來(lái)自被破滅未來(lái)的他要?dú)鐬?zāi)禍的肇源童實(shí)野市改變未來(lái)。游星等人不能認(rèn)同他的做法，登上”弧線搖籃“與”Z-ONE“展開最后的決戰(zhàn)。最終，Z-ONE被游星擊敗，弧線搖籃消失，游星拯救了童實(shí)野市，平安歸來(lái)。
　　后日談
　　Z-ONE被打敗數(shù)年后游星等人的故事。
　　副注
　　現(xiàn)在看到的故事劇情是在Z-ONE介入改變歷史后的情況。原本的歷史到暗印者就是最終BOSS，沒有WRGP存在。之后游星與同伴參加各種國(guó)際大賽，在不斷的磨煉中領(lǐng)悟“CLEAR MIND”、加速同步、三角加速同步，成為將人類領(lǐng)向進(jìn)化新時(shí)代的傳奇人物。但在未來(lái)人類因?yàn)檫^(guò)快進(jìn)化濫用同步而惡欲膨漲，招來(lái)毀滅。Z-ONE為改變介入了過(guò)去改變了歷史，故事才有了現(xiàn)在的情況。