SIDE6沉浸在一片安宜祥和的氣氛中，這里遠離戰(zhàn)場，幾乎從未發(fā)生過什么戰(zhàn)事，駐守在這兒的聯(lián)邦軍的部隊也并不多，這一點，并不使少年阿魯高興，因為他是一個軍事迷，渴望看一下激烈的戰(zhàn)斗場面。一日阿魯正與朋友們交流時，殖民地內(nèi)發(fā)生了騷動，這是由吉恩的小股偵察部隊與聯(lián)邦發(fā)生的沖突所引致，不久，一架受了傷的扎克（改），掠過阿魯?shù)纳峡?，墜落在離他不遠的林間草坪上。
　　被擊落的吉恩新兵巴尼，用自己的軍銜章?lián)Q取了阿魯?shù)臄z影機磁卡，這里面記錄有阿魯從聯(lián)邦的工廠里到的MS組裝畫面。此外，還有幾日前從地球搬來的阿魯家的鄰居紅發(fā)女郎克麗絲的倩影。巴尼獲取的情報，引起了吉恩軍的注意，他們立即組建了一支突擊小隊，執(zhí)行破壞高達的任務(wù)。于是，巴尼所在的小隊，依靠一場小規(guī)模的戰(zhàn)斗的混亂，再度潛入SIDE6。在宇宙殖民地中，巴尼又一次與阿魯相遇。
　　理想成為MS駕駛員的少年阿魯，自愿為吉恩突擊小隊偵察聯(lián)邦軍的秘密基地的位置，并與監(jiān)視他的青年巴尼成為了好友。一日，巴尼在阿魯?shù)拇跋屡c克麗絲邂逅，這為巴尼的監(jiān)視任務(wù)帶來一分情趣。同時，在突擊小隊的秘密倉庫中，對高達用新型MS--坎普瑪正在組裝中，計劃在圣誕節(jié)前，完成破壞阿歷克斯的任務(wù)。一切準(zhǔn)備工作完成后，破壞高達作戰(zhàn)展開，由吉恩老兵駕駛的坎普瑪，將駐守的聯(lián)邦部隊打得落花流水，并與突擊小隊配合，很快到達了停放阿歷克斯的秘密工廠，阿歷克斯NT-1倉促應(yīng)戰(zhàn)，并以性能的優(yōu)勢將坎普瑪擊敗。至此，吉恩突擊小隊作戰(zhàn)失敗，小隊除巴尼以外全員戰(zhàn)死。
　　吉恩突擊小隊作戰(zhàn)失敗后，小隊唯一幸存者巴尼接到了立即撤離SIDE6的指示。因為吉恩軍沒有機會再組織力量破壞高達，于是他們打算圣誕夜之前，用核彈摧毀整個宇宙殖民地。巴尼得知消息后，要求阿魯立即通知家人與克麗絲盡早離開殖民地，但遭到阿魯?shù)姆磳?。阿魯希望自己心中的?yōu)秀駕駛員巴尼，能擊潰阿歷克斯挽救殖民地的命運，于是巴尼只得一個獨自離開。
　　警方無法相信阿魯?shù)膱缶?，置之不理。同時，吉恩軍搭載核彈頭的攻擊艦已駛離母艦。阿魯面對朋友與家人幾欲絕望，此刻在機場，巴尼正猶豫不決，最終，他下定決心，為了阿魯與心愛的克麗絲，以及殖民地的人們，向阿歷克斯發(fā)出最后的挑戰(zhàn)。在阿魯?shù)膮f(xié)助下，他修復(fù)了初次襲擊SIDE6時被擊落的扎克，用唯一的武器--能量斧對NT-1發(fā)起了攻擊。與此同時，阿魯從父親的口中得知了吉恩軍將于數(shù)日后簽定終戰(zhàn)協(xié)議，他飛奔著跑向巴尼戰(zhàn)斗的地方，但在他面前支離破碎的NT-1的光束劍，已刺穿了扎克的座艙。而救護人員從NT-1的座艙中搶救出的聯(lián)邦駕駛員那一頭秀麗的紅發(fā)，更使阿魯呆然……

　　公元1999年，面臨人口,資源,環(huán)境各方面危機的人類社會終于為攜手開創(chuàng)新時代而實現(xiàn)統(tǒng)一，成立地球聯(lián)邦政府，并發(fā)表人類宇宙移民計劃。之后為了保證地球圈的安定與和平，2009年，地球聯(lián)邦軍正式建立。2045年，第1號太空殖民衛(wèi)星開始動工建造，之后陸續(xù)又建起許多殖民衛(wèi)星，并根據(jù)宙域?qū)⑵鋭澐譃镾IDE1至SIDE7七個區(qū)域。當(dāng)人類開始向最初的衛(wèi)星移民時，人類歷史便進入了宇宙世紀(jì)，紀(jì)元亦改為宇宙世紀(jì)(簡稱U.C)0001年，那一年地球總?cè)丝谝淹黄?0億大關(guān)。U.C.0027年，第一座月面永久型都市“馮·布拉文”完工，此后至0040年為止，實現(xiàn)了總?cè)丝诘?0％(約50億人)向宇宙的移民。0045年，小行星尤諾進入月球軌道并開始周期性穩(wěn)定運行，后稱為路納Ⅱ(LUNAR2)。0050年，人類總?cè)丝谝堰_110億，其中90億為宇宙移民。然而，地球聯(lián)邦政府并未制定確保宇宙移民權(quán)利的有力政策，仍然以地球為中心，加上聯(lián)邦內(nèi)官僚主義風(fēng)氣日盛，使宇宙移民的不滿情緒上漲……

　　“我被冥界拉黑了，所以死不了。”因為某種原因，他被冥界禁止入內(nèi)，無法回歸冥界。為了回到冥界，他開始將幽靈擁有的“燈火”收集到自己的燈籠里。這個神秘的“自稱仙人”——鼴鼠（百暗桃弓木），行蹤詭異。據(jù)說，遇到他的人會開始看見一些奇怪的事物……

江浩一（沈達威 配音）是一個其貌不揚個性普通的平凡高中生，然而，這樣的他卻在某一天里成為了校園內(nèi)諸多女生爭相愛慕的對象，就連身處事件漩渦中心的江浩一都搞不懂究竟發(fā)生了什么。在校方正要對江浩一興師問罪之際，時間停止了，愛神從天而降。                                    
                               　　愛神告訴江浩一，造成這一切混亂的原因，在于江浩一在誤打誤撞之中將被施了愛情魔法的巧克力分給了女生們，魔法使得女生們對江浩一產(chǎn)生了戀愛的錯覺。要解決這個麻煩，江浩一必須一一幫助這些中了魔法的女生們實現(xiàn)她們心中真正的愿望，這對于性格有些內(nèi)向的江浩一來說，可不是一件輕松的活計。

　　終于，河野亨（福山潤 配音）進入了他夢寐以求的私立貴族男校“藤森學(xué)園”，然而剛剛進入學(xué)校，就傳來了一個噩耗：面容清秀的他居然被選為了“公主”候補生！所謂的“公主”制度，就是由相貌姣好的男生穿上各種華麗的洋服，化妝成可愛的女性來活躍單調(diào)的校園氣氛。河野亨的第一反應(yīng)即是拒絕，但當(dāng)他得知成為“公主”不僅能夠享受諸多福利和特權(quán)，還能得到一部分的分紅時，他的決心動搖了。
　　在學(xué)園里，他遇見了另外兩位“公主”：有著完美外表，在男性和“公主”的身份中變換自如的四方谷裕史郎（樸璐美 配音），以及性格溫順同時又十分害羞的豐實琴（柿原徹也 配音）。這性格迥異的三人，為了完成自己做為“公主”的使命，在抗拒與順從中展開了一段歡樂的校園生活。