在一次護(hù)送公司機(jī)密文件的途中，旭日重工的普通職員岡島綠郎（浪川大輔 配音）遭到了名叫黑礁商會(huì)的神秘組織的襲擊和綁架，機(jī)密文件亦被奪走。為了保證秘密不被泄露，旭日重工采取了消抹行動(dòng)——包括文件和岡島綠郎本人。在得知了自己被公司拋棄的消息之后，岡島決定用自己的方式為自己謀得一條生路。岡島向黑礁商會(huì)提出了入會(huì)的要求，并通過實(shí)際行動(dòng)證明了自己的能力，之后以“洛克”之名開始全新的生活。精明冷靜的首領(lǐng)達(dá)奇（礒部勉 配音），個(gè)性剛強(qiáng)的雙搶手薇拉（豐口惠美 配音），開朗淡泊的機(jī)械師本尼（平田廣明 配音），在這些神秘人物的圍繞下，洛克逐漸找到了同伴的感覺，同時(shí)，一條充滿了危機(jī)與冒險(xiǎn)的道路也在他的面前展開了。

　　故事發(fā)生在位于千葉縣的立總北高中內(nèi)，小野田坂道（山下大輝 配音）是一名徹頭徹尾的御宅族，沉迷于二次元文化之中。在小野田的整個(gè)初中時(shí)代，他都沒有能夠找到志同道合的同好，因此他做出了一個(gè)決定，那就是一定要在高中加入動(dòng)漫社。哪知道動(dòng)漫社因?yàn)槿藛T不足而解散了，這讓小野田好不容易燃起的斗智宛如澆了一盆冷水。
　　一次偶然中，小野田騎著自行車爬坡的姿態(tài)被騎行社的今泉俊輔（鳥海浩輔 配音）看到了，今泉是一位經(jīng)驗(yàn)非常豐富的自行車運(yùn)動(dòng)員，從初中時(shí)代起就開始參加各類比賽，在小野田的身上，今泉看到了過人的騎行天賦，于是決定游說他加入騎行社。

　　常夏の孤島?青藍(lán)島（せいらんとう）。
　　この島に生家のある橘淳之介は、両親の死をきっかけに
　　妹?橘麻沙音と共に帰島することになった。
　　しかし青藍(lán)島は人口減少に待ったをかけるべく施行された
　　ドスケベ條例によって、島中どこでもドスケベセックスが
　　許可?推奨されており、「性産的行為」を拒否すると
　　犯罪に等しい処罰を受けることになってしまう狂気の島であった。
　　誇り高き童貞にして処女廚であった淳之介はこの條例に疑問を持ち、
　　自身と愛する妹の純潔を守るべく、
　　反交尾勢(shì)力?NLNS(No Love No Sex)を立ち上げ、
　　ドスケベ條例の破壊を目指して動(dòng)き始める――！
　　「俺が…ドスケベ條例をぶっ潰す！」

　　源內(nèi)蒼（日笠陽子 配音）是一名十分平凡的高中一年級(jí)女生，一天，她收到了一個(gè)神秘的包裹，拆開了包裝，出現(xiàn)在小蒼面前的，是名叫“Frame Arms Girl”的小型機(jī)器人轟雷（佳穗成美 配音）。轟雷可不是一般的機(jī)器人，她擁有著自我的意識(shí)，能夠通過學(xué)習(xí)人類的感情與戰(zhàn)斗方式而不斷地自我進(jìn)化，就這樣，小蒼和轟雷的同居生活拉開了帷幕。
　　除了轟雷外，還存在著別的機(jī)甲少女。個(gè)性十分傲嬌的短劍（綾瀨有 配音）、性格單純但擁有著廣袤的知識(shí)的閃燕（長江里加 配音）、行事大大咧咧但充滿了正義感的迅雷（樺山南 配音）、沒有一絲感情沉默寡言的骨姬（山村響 配音），在轟雷之后，她們接二連三的出現(xiàn)在了小蒼的身邊。

4年了，距離那場(chǎng)私人武裝組織——天人與人類聯(lián)盟軍的決戰(zhàn)過去4年了。天人組織消失了，世界從3個(gè)巨大的國家聯(lián)盟統(tǒng)一為一個(gè)聯(lián)合政府，世界已經(jīng)統(tǒng)一。但是，這只是表象。表面的政治統(tǒng)一，但軍方秘密組織A-LAWS在暗中從事武裝鎮(zhèn)壓，鎮(zhèn)壓所有反對(duì)聯(lián)合政府的組織與團(tuán)體。這樣的世界，沒有改變。人類依然沒有從戰(zhàn)爭、紛爭、矛盾之中解脫出來。天人組織再次回歸！高達(dá)駕駛員剎那?F?清英駕駛新型號(hào)的機(jī)器人——高達(dá)00再次武力介入。這次，天人組織要面對(duì)的不僅是A-LAWS的機(jī)動(dòng)戰(zhàn)士部隊(duì)，還有神秘組織變革者——其首領(lǐng)里馮茲正在計(jì)劃一個(gè)更大的陰謀！《機(jī)動(dòng)戰(zhàn)士高達(dá)00》系列動(dòng)畫片第2季。