無限的冒險，如今拉開序幕——根據(jù)每位玩家的不同行為以及性格，游戲習慣等進化為具備獨特能力的系統(tǒng)。裝載了如此極具夢想的系統(tǒng)，全方位體感VRMMO，在面世一瞬間便引發(fā)輿論狂潮席卷全世界。ysgou.cc結(jié)束大學入學考試后在東京開始獨居生活的椋鳥玲二，在兄長的邀請下，開始了其波瀾萬丈的冒險之旅——

　　秦統(tǒng)一中國后，三代相韓的韓國世家子弟張良，為替韓國報仇，準備策劃一場刺殺秦始皇的“斬首行動”。但他們的預謀被當局的廷尉府察覺，在張良前往滎陽向韓國王孫和韓國的遺老們匯報行動計劃時，他們遭到了廷尉府伏哨的突襲，然而張良卻僥幸逃脫。原因是韓王孫一直以臥薪嘗膽的越王勾踐為榜樣，他要與會者每人吃一顆蛇膽，以示光復韓國的決心。身體贏弱的張良吃了性寒的蛇膽后，馬上感到肚子不適，在他如廁時，廷尉府的伏哨沖殺進來，他在廁所躲過此劫。
　　張良在功成名就后，前往黃石崗祭拜老師黃石公時，意外遇見曾和他生死與共的西門雁——西門雁是在韓王孫被項羽封為韓王后，想封她為王妃時遠走高飛的。兩位有情人似乎有許多話要說，又不知從何說起，他們沉默地相視良久，西門雁就微微一笑，飄然而去，讓張良心中留下那值得永遠回憶的惆悵……

　　一天，工藤大器偶然聽到了神秘聲音的呼喚，與朋友們一起來到了數(shù)碼世界，在那里認識了眾多的數(shù)碼獸同伴并且成為指揮官建立“Xros Heart”團隊。意想不到的是，在數(shù)碼世界中除了他們外竟然還有別的人類在數(shù)碼世界中活躍著……然而，為了防止邪惡的巴古拉軍企圖稱霸數(shù)碼世界，他們將要努力地收集水晶（Code Crown）來保護各個領域（Zone），擔負起拯救數(shù)碼世界的命運。
　　被巴古拉獸擊回到人類世界的工藤大器和高吼獸，經(jīng)過東京大決戰(zhàn)留在人類世界一天后，相對地數(shù)碼世界已經(jīng)過了好幾個月的時間，并落入了巴古拉軍支配下的地獄世界，分裂為七個國家（Land），由七名巴古拉軍手下的死亡指揮官所統(tǒng)治，而這七名死亡指揮官就是本篇章的主要敵人。為了讓數(shù)碼世界再次得到和平，工藤大器和高吼獸決定再次回到危機四伏的數(shù)碼世界中。此外，本篇章亦出現(xiàn)全新力量“超進化”。
　　與巴古拉獸的最終決戰(zhàn)已經(jīng)過去了一年，天野音音的弟弟-天野悠入讀大器所讀的中學，并與大器組成“Xros Heart”的籃球隊，過著悠閑的生活，而隊伍中還有一名尊敬著大器學長的成員-明石激。一天，明石激被卷入了“數(shù)碼晶界”所發(fā)生的異變之中。