遙遠(yuǎn)的古靈星被毀滅，幸存的三位超人來到星星球向開心超人求救。以開心超人為首的五位超人為維護(hù)宇宙的正義，決定尋找古靈星毀滅的原因。當(dāng)開心超人追查古靈星毀滅的線索時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)多了兩個(gè)神秘的反派——月舞、星影，阻止他們的追查行動(dòng)，而且月舞星影背后居然還有更大的勢(shì)力。他們下一個(gè)毀滅的目標(biāo)就是星星球。

　　故事以只有女性能使用的世界最強(qiáng)兵器「Infinite Stratos（IS）」為中心，在女尊男卑的世界中，主角「織斑一夏」雖然身為男生卻能夠操縱 IS，為此他被強(qiáng)制進(jìn)入培育 IS 操縱者的學(xué)?！窱S 學(xué)園」，周圍理所當(dāng)然也都是女性，而女生們也對(duì)這位「世上唯一能夠使用 IS 的男性」感到興趣，就此展開了許多趣味橫生的學(xué)校生活。

位于東京西部的巨大“學(xué)園都市”。在總?cè)丝谶_(dá)230萬人，其中約8成是學(xué)生的這座都市中，實(shí)施著超能力開發(fā)的特殊課程，學(xué)生們的能力被給予從“無能力Level 0”到“超能力Level 5”的六階段評(píng)價(jià)。高中生上條當(dāng)麻，也是住在學(xué)園都市的學(xué)生之一。他由于隱藏在右手中的力量——只要是異能之力，就連神的加護(hù)都能消除的“幻想殺手Imagine Breaker”，而被評(píng)價(jià)為名落孫山的“無能力”，過著充滿不幸的人生。而上條的學(xué)生生活，由于暑假開始時(shí)從天而降的純白修女而發(fā)生了巨大的變化。自從與逃離“魔法”世界的她——“禁書目錄茵蒂克絲”相遇開始，上條就被卷入了各種各樣的事件中。統(tǒng)率學(xué)園都市的“科學(xué)”方、與茵蒂克絲關(guān)聯(lián)的“魔法”方，在驚險(xiǎn)地解決雙方事件的過程中，他的人際關(guān)系也逐步擴(kuò)展。之后，魔法一方的十字教最大宗派羅馬正教，終于注意到上條的存在……。如同呼應(yīng)魔法方一般，科學(xué)方的學(xué)園都市也有所動(dòng)作。但也有與逐漸開始對(duì)立的世界動(dòng)向抗?fàn)幍娜瞬粩喑霈F(xiàn)。那些通過與上條有所關(guān)聯(lián)，而使命運(yùn)大為改變的“英雄”們。他們挺身而出與世界對(duì)峙。如同上條當(dāng)麻做過的那樣?？茖W(xué)與魔法第三次交織之時(shí)，故事將大幅推進(jìn)??！

為了與犯罪組織古萊姆（クライム）對(duì)抗,國(guó)際科學(xué)特搜隊(duì)的鯨井大助決定組織一隊(duì)改造人部隊(duì)，最後他找到接受手術(shù)的四人，分別是：櫻井五郎、東竜、嘉琳·水木（カレン水木）及大地文太。四人背負(fù)著改造人失去肉體的痛苦，與古萊姆周旋。
　　後來因古萊姆引入了侵略機(jī)械人，把目標(biāo)由犯罪轉(zhuǎn)變成征服地球。因此皇牌突擊隊(duì)亦加入了行動(dòng)隊(duì)長(zhǎng)Big 1（ビッグワン），令戰(zhàn)況更加白熱化。