遙遠(yuǎn)的古靈星被毀滅，幸存的三位超人來到星星球向開心超人求救。以開心超人為首的五位超人為維護(hù)宇宙的正義，決定尋找古靈星毀滅的原因。當(dāng)開心超人追查古靈星毀滅的線索時，卻發(fā)現(xiàn)多了兩個神秘的反派——月舞、星影，阻止他們的追查行動，而且月舞星影背后居然還有更大的勢力。他們下一個毀滅的目標(biāo)就是星星球。

　　東西冷戰(zhàn)了170年后的未來，世界被分為東部和西部二個對立面。經(jīng)?；ハ鄬χ牛幱跇O度的緊張狀態(tài)。在那樣的狀況中，設(shè)立了秘密諜報組織“Zero zero機(jī)關(guān)”，組織以00號碼稱呼著間諜部隊(duì)中的人工控制機(jī)械人。
　　主人公ミレーヌ·ホフマン 屬于00號碼間諜“9小組”的女性人工控制機(jī)械人。代號009-1的她美麗的身體中包藏著許多秘密兵器，并賭上性命進(jìn)行著諜報活動。

　　故事以只有女性能使用的世界最強(qiáng)兵器「Infinite Stratos（IS）」為中心，在女尊男卑的世界中，主角「織斑一夏」雖然身為男生卻能夠操縱 IS，為此他被強(qiáng)制進(jìn)入培育 IS 操縱者的學(xué)校「IS 學(xué)園」，周圍理所當(dāng)然也都是女性，而女生們也對這位「世上唯一能夠使用 IS 的男性」感到興趣，就此展開了許多趣味橫生的學(xué)校生活。

位于東京西部的巨大“學(xué)園都市”。在總?cè)丝谶_(dá)230萬人，其中約8成是學(xué)生的這座都市中，實(shí)施著超能力開發(fā)的特殊課程，學(xué)生們的能力被給予從“無能力Level 0”到“超能力Level 5”的六階段評價。高中生上條當(dāng)麻，也是住在學(xué)園都市的學(xué)生之一。他由于隱藏在右手中的力量——只要是異能之力，就連神的加護(hù)都能消除的“幻想殺手Imagine Breaker”，而被評價為名落孫山的“無能力”，過著充滿不幸的人生。而上條的學(xué)生生活，由于暑假開始時從天而降的純白修女而發(fā)生了巨大的變化。自從與逃離“魔法”世界的她——“禁書目錄茵蒂克絲”相遇開始，上條就被卷入了各種各樣的事件中。統(tǒng)率學(xué)園都市的“科學(xué)”方、與茵蒂克絲關(guān)聯(lián)的“魔法”方，在驚險地解決雙方事件的過程中，他的人際關(guān)系也逐步擴(kuò)展。之后，魔法一方的十字教最大宗派羅馬正教，終于注意到上條的存在……。如同呼應(yīng)魔法方一般，科學(xué)方的學(xué)園都市也有所動作。但也有與逐漸開始對立的世界動向抗?fàn)幍娜瞬粩喑霈F(xiàn)。那些通過與上條有所關(guān)聯(lián)，而使命運(yùn)大為改變的“英雄”們。他們挺身而出與世界對峙。如同上條當(dāng)麻做過的那樣?？茖W(xué)與魔法第三次交織之時，故事將大幅推進(jìn)?。?/p>

為了與犯罪組織古萊姆（クライム）對抗,國際科學(xué)特搜隊(duì)的鯨井大助決定組織一隊(duì)改造人部隊(duì)，最後他找到接受手術(shù)的四人，分別是：櫻井五郎、東竜、嘉琳·水木（カレン水木）及大地文太。四人背負(fù)著改造人失去肉體的痛苦，與古萊姆周旋。
　　後來因古萊姆引入了侵略機(jī)械人，把目標(biāo)由犯罪轉(zhuǎn)變成征服地球。因此皇牌突擊隊(duì)亦加入了行動隊(duì)長Big 1（ビッグワン），令戰(zhàn)況更加白熱化。

　　天地混亂的混沌時代--有一塊人和妖怪共存的土地，那里是文明和信仰之源--桃源鄉(xiāng)。突然的異變和恐怖襲擊了那土地，以往平穩(wěn)生活著的的妖怪們失去了自我開始了暴走。異變的元兇是“將過去的大妖怪牛魔王給復(fù)活了”這件事。
　　由于在這個世界上被禁忌著的科學(xué)和妖術(shù)，現(xiàn)在牛魔王的復(fù)活要被完成了，負(fù)波動覆蓋著大地。
　　看重這事態(tài)的天界，下達(dá)了請?zhí)迫厝プ柚古Ｄ鯊?fù)蘇實(shí)驗(yàn)的命令。同那不怕負(fù)波動的三人，孫悟空，沙悟浄，豬八戒一起前往遙遠(yuǎn)的西天·天竺國的旅行開始了。
　　與此同時，在天竺國吠登城里，牛魔王復(fù)蘇實(shí)驗(yàn)的策劃者張本人，牛魔王的情人玉面公主，向紅孩兒下達(dá)了除掉三藏一行的抹殺令。紅孩兒是牛魔王的兒子，為了救出被玉面公主詛咒封印起來的母親，同仰仗他的心腹一起發(fā)起了挑戰(zhàn)。
　　三藏他們能阻止牛魔王復(fù)蘇實(shí)驗(yàn)，能使走向毀滅的桃源鄉(xiāng)再次恢復(fù)和平嗎？