故事發(fā)生在被選召的孩子們首次接觸數(shù)碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區(qū)海面上的波浪在朝陽下?lián)u曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。隨後他在「一路順風(fēng)，哥哥」的送別聲下，騎上腳踏車出門，奔向那片初夏的青空……現(xiàn)在，冒險再度進化……

　　太一等人因為獅子獸的死產(chǎn)生了動搖，而光子郎則提議找出緬因貓獸被感染的真相。但作為緬因貓獸主人的芽心卻想不到為何緬因貓獸會被感染。
　　為了防止其他數(shù)碼寶貝被感染，光子郎在辦公室建立了隔離區(qū)，然而巴達獸卻已經(jīng)出現(xiàn)了被感染的征兆……此時，數(shù)碼寶貝們告知了大家一個有關(guān)數(shù)碼寶貝世界的重大秘密。面對秘密的真相以及再度出現(xiàn)的緬因貓獸，太一等人陷入了苦惱當(dāng)中，而在各自的想法碰撞中，他們也做出了自己的決斷……“如果總是想著總有一天會怎么樣的話，那么就不知不覺要成為大人了哦?！爆F(xiàn)在，冒險再度進化。

　　緬因貓獸的暴走，以及由此引發(fā)的重啟。
　　留下苦惱的芽心，太一等人前往數(shù)碼世界。
　　重逢的搭檔數(shù)碼寶貝們，失去了至今為止的全部記憶。
　　即使如此也為了再次筑起羈絆，而伸出手去的被選召的孩子們，與回應(yīng)此的數(shù)碼寶貝們。
　　但，唯有比丘獸即使進化為成長期，也依然表現(xiàn)出警戒……
　　“所以說過去的事情我不知道啦！”
　　面對比起自己更加優(yōu)先關(guān)心他人的空的好意，比丘獸反而抱持著不信任感。
　　對于因受傷而久久佇立的空，太一和大和找不到能對她說的話語。
　　接下來，應(yīng)該在數(shù)碼世界做些什么才好——
　　在商談此事的眾人面前，緬因貓獸突然現(xiàn)身，之后又消失了。他不知為何殘留著原先的記憶，尋找著芽心，含淚彷徨著——
　　看到這副景象，孩子們?yōu)榱苏染捯蜇埆F而對數(shù)碼世界之旅下定了決心。但，他們的面前卻出現(xiàn)了那個驅(qū)使黑暗四天王的男人的身影。
　　此時，現(xiàn)實世界的西島收到了姬川失蹤的報告。
　　調(diào)查此事的他，查出了姬川至今為止的行動背后隱藏著某個目的。
　　此事還關(guān)聯(lián)著決定了兩人命運的過去的某件事……

　　看到搭檔望月芽心被有著玄內(nèi)樣貌的神秘男人所傷，
　　緬因貓獸再度開始暴走。
　　“不能讓你誕生在世上…”
　　從現(xiàn)實世界消失的緬因貓獸，正是歪曲本身。是擁有過于巨大力量的，毀滅世界的鑰匙——
　　西島大吾以及出現(xiàn)在望月博士之處的黑客獸，逐漸解明真相。
　　保證世界調(diào)和的恒常性將現(xiàn)在變得過于強大的緬因貓獸視為危險，而要將其切除。
　　隨著暴走的緬因貓獸的出現(xiàn)，現(xiàn)實世界開始進入毀滅前的倒計時。
　　其所波及的地點接連發(fā)生異變。因歪曲而現(xiàn)身的數(shù)碼寶貝們，等待著那一時刻的來臨——
　　被選召的孩子們，受到異常的數(shù)碼世界排斥，返回現(xiàn)實世界，
　　卻因為與搭檔數(shù)碼寶貝在一起而遭到人們的追趕。眾人陷入孤立無援卻仍然拼命地尋求對策，與此同時芽心獨自一人持續(xù)煩惱著。
　　同伴和數(shù)碼寶貝的聲音，都傳達不到因背負過大的負擔(dān)而遭受打擊的她心中…
　　之后，殘酷的命運，甚至逼近了靈魂比任何人都率直纖細的八神光身邊——