故事的主角是以治退專(zhuān)吃人類(lèi)魂魄ヴァイアラス為職業(yè)的的露西亞，跟她一起與魔人戰(zhàn)斗的還有偶然被露西亞的胸針刺到卷入事件之中而得到了神秘力量的少女。有一天露西亞在和一個(gè)叫與識(shí)的青年在公園中遭到了使用雷之力的少女的襲擊，出于想要保護(hù)與識(shí)的強(qiáng)烈意愿，不知不覺(jué)中露西亞自身不可思意的力量也被喚醒了，于是接受了名橋的實(shí)驗(yàn)委托……

新學(xué)期剛開(kāi)始，高中生·坂井悠二一如往常過(guò)著“日常生活”。然而有一天，他冷不防遭遇紅世之王手下的侵襲。受到一名能夠把人的存在化為靈火，并吸取靈火的神秘男子法利亞格尼的攻擊。悠二的“日常”生活因此整個(gè)脫節(jié)，然而就在同一時(shí)間，一名少女出現(xiàn)在他面前。少女為了保護(hù)悠二不被法利亞格尼襲擊，開(kāi)始與悠二一同生活。悠二滿(mǎn)懷感激向少女道謝，不料少女卻如此低喃：“你已經(jīng)不存在了?！?/span>我已經(jīng)死了？存在喪失者·悠二為何還能夠思考呢……

《灼眼的夏娜》TV第二季的故事將從小說(shuō)第八卷開(kāi)始講起，以NDS游戲《灼眼的夏娜DS》中的登場(chǎng)人物，紅世之徒，戲睡鄉(xiāng)“メア”入侵御崎市開(kāi)始開(kāi)篇。據(jù)監(jiān)督渡部高志所說(shuō)，故事會(huì)對(duì)第一季的一些伏筆作出解釋?zhuān)⒓尤氩簧龠@個(gè)時(shí)代的小故事。第二季STAFF和聲優(yōu)會(huì)由原班人馬擔(dān)任，“釘宮之誓”依舊強(qiáng)勢(shì)走高。夏天結(jié)束后，新學(xué)期開(kāi)始了許多事物沒(méi)有任何變化，但是同時(shí)也有不少事情逐漸發(fā)展著…池和吉田，緒方和田中之間產(chǎn)生了些許微妙的關(guān)系還有在我身旁，飄逸著長(zhǎng)發(fā)的夏娜…但是，這一切似乎有著一絲奇怪的違何感在我們所不知道的地方，紅世之徒再次展開(kāi)了行動(dòng)…

進(jìn)到寶石盒子里的葉羅麗戰(zhàn)士們能打破記憶封印嗎？浮云樓仙境銀行里有什么秘密？被困在鏡中世界的金王子，齊娜、菲靈、莫紗、荒石，又會(huì)如何呢？火領(lǐng)主自由了嗎？辛靈仙子會(huì)復(fù)活嗎？又會(huì)發(fā)生什么新的奇遇呢？黑衣人到底是誰(shuí)？女王的真實(shí)目的是什么？靈公主為什么囚禁火領(lǐng)主？人類(lèi)世界會(huì)和平嗎？

女王曼多拉統(tǒng)治著葉羅麗仙境，因?yàn)槿祟?lèi)大肆的破壞自然環(huán)境，使其嚴(yán)重影響到了仙境的存亡與仙子的安危。曼多拉仙子認(rèn)為人類(lèi)都是自私自利愛(ài)破壞，不相信人類(lèi)會(huì)自覺(jué)變好保護(hù)環(huán)境，所以想統(tǒng)治人類(lèi)世界，將人類(lèi)變成她的奴隸，重新治理被人類(lèi)嚴(yán)重破壞的掉的自然環(huán)境。而辛靈仙子則認(rèn)為人類(lèi)會(huì)自己覺(jué)悟拯救環(huán)境，所以帶領(lǐng)著勇敢的葉羅麗戰(zhàn)士，與曼多拉仙子作斗爭(zhēng)。

女王曼多拉認(rèn)為人類(lèi)是自私而丑陋的，就算一時(shí)好心幫助朋友也是善變的。而店長(zhǎng)辛靈仙子則相信人類(lèi)是美麗善良的。她們發(fā)起了新的賭注。女王以鐵希的生命誘惑文茜，逼她說(shuō)出了辛靈藏在仙境的大門(mén)位置。雖然女王無(wú)法破除咒語(yǔ)前往人類(lèi)世界，卻能在大門(mén)設(shè)下陷阱。為了修正冰公主的冰封術(shù)，讓舒言重新生長(zhǎng)，葉羅麗戰(zhàn)士們一起回到了仙境。沒(méi)想到剛到陷阱，就步入了女王精心準(zhǔn)備的陷阱，她們被女王分別封入了鏡空間。

　　故事發(fā)生在戰(zhàn)國(guó)時(shí)代，普通人家出身的男孩豬名寺亂太郎祖輩曾是忍者，在父親的勸說(shuō)下，他離開(kāi)家鄉(xiāng)攝津，進(jìn)入當(dāng)時(shí)一流的忍者學(xué)園學(xué)習(xí)。在學(xué)校，他認(rèn)識(shí)了與之同齡的新兵衛(wèi)和霧丸。新兵衛(wèi)是一個(gè)出身富商家庭的小胖子，為人迷迷糊糊，對(duì)吃尤為感興趣；霧丸則是身世貧苦的孤兒，為人精明，貪財(cái)吝嗇。這三個(gè)性格迥異卻的小家伙成為好朋友，他們最大的共同點(diǎn)就是經(jīng)常因?yàn)榭荚嚥患案袷艿教幜P。當(dāng)然，以校長(zhǎng)大川平次渦正為首的老師們也都是性格古怪且鮮明的爆笑人物，亂太郎他們和周?chē)耐瑢W(xué)、老師一起上演了連番搞笑、有趣的精彩好戲……
　　本片根據(jù)漫畫(huà)家尼子騒兵衛(wèi)原著《落第忍者亂太郎》改編，改編成動(dòng)畫(huà)時(shí)，因NHK電視臺(tái)的禁忌而將“落第”二字去掉。