清末，八國聯(lián)軍強壓中國。緊挨京城的天津衛(wèi)乃武家之地，八國聯(lián)軍不敢貿(mào)然踏入。在天津衛(wèi)五年一次的武術會長選拔中霍元甲因救趙師傅一命，自己輸?shù)舯荣?，趙師傅贏得不體面，與霍元甲產(chǎn)生過節(jié)。日本為入侵天津衛(wèi)，日本第一高手武田龜三郎在天津衛(wèi)開設紅花武館，一連打傷多家武館師傅，在日本人設計的圈套下，霍元甲最終與武田龜三郎展開一場生死決斗……

　　應該是從遙遠的宇宙彼方K隆星來侵略地球的KERORO小隊，在劇場版中卻將地球從可怕的危機中拯救出來……這一次，KERORO軍曹的面前出現(xiàn)了最新！最惡！最強的敵人??！
　　故事講述冬樹與KERORO小隊一起去印加帝國的馬丘比丘足跡參觀，喜歡神秘事物的冬樹當然是大為高興，可是KERORO的腦袋里面裝滿了要侵略地球的事情。他們在那里因為迷路而發(fā)現(xiàn)了遺跡，后來因為突發(fā)狀況而不得不從那里逃出。但在那時，冬樹一瞬間看見了一位佇立在迷途中的少女。抱著對少女的不解之迷，冬樹與KERORO回到了東京。不過這時，最強的敵人出現(xiàn)在了他們面前。樣子和KERORO一模一樣，但與KERORO不同天空対決戦ｔテンクウたい的是，他是要迅速且透徹地策劃侵略地球的黑暗KERORO。他帶領著部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各國開始了侵略行動。而迎擊這一切的KERORO小隊的命運是？……

　　正當Keroro小隊們向著第四年TV動畫進發(fā)時，其第二部劇場版《超劇場版Keroro軍曹2 深海的公主、是也！》即將于3月17日開始在日本上映。繼宣揚“友情”最高的第一彈劇場版結束之后，此次劇場版將大力宏揚偉大的家族之愛。
　　終于水之惑星馬隆星開始了對地球的侵略。馬隆星的末裔Meru王子和他的隨從Maru，常年2個人生活的他們決定尋重建他們的世界，于是他們開始尋找公主的候補人選。而被選中的竟然是Keroro小的隊所居住的日向家的長女，日向夏美！Keroro一行開始向著深海所在的秘密王國出發(fā)，解救被擄走的夏美。

　　KERORO軍曹寄住在日向家，竟因沉迷高達模型而慘變家務工人，更意外釋放了一個來自“K隆星”遠古時代的神秘武器KIRURU，令到全球大亂，面臨毀滅危機！這時候，唯一知道如何拯救地球的謎樣外星人突然現(xiàn)身，聯(lián)同KERORO部隊調(diào)轉(zhuǎn)槍頭、發(fā)動一場笑震宇宙的太空戰(zhàn)爭！