八凰幸人是一名在兒童福利院長(zhǎng)大的少年。某天，名為沙川盡義的神情傲然的青年來(lái)到了幸人的身邊，他自稱是幸人已故父親的弟子，把幸人帶去了故鄉(xiāng)綾之島。由七島相連的綾之島，盛行著火與水之龍的傳說(shuō)，還有名為“御靈”的神奇事物存在著的奇妙的島嶼。幸人與曾經(jīng)是守護(hù)綾之島仙人的父親的三名弟子開(kāi)始了來(lái)往，一同居住在綾之島上。然而另外兩名師兄弟鞍馬春秋與伊吹朱之間卻有著深深的隔閡。在平衡即將開(kāi)始崩壞的“ayakai”島上，幸人直面的真相是一—

　　恐怖大王的威脅消除了，本院寺有恢復(fù)了平凡的日常生活。
　　在這座寺廟，住著一位大學(xué)生森里螢一，與三位女神。一年前，螢一打電話錯(cuò)打到女神事務(wù)所，并與女神貝璐丹蒂開(kāi)始了同居生活，之后貝璐丹蒂的兩位妹妹也住進(jìn)了寺廟。
　　這一天，救助女神事務(wù)所的數(shù)據(jù)出現(xiàn)了問(wèn)題，螢一的契約可能會(huì)被取消！而唯一恢復(fù)契約的方式就是螢一再次說(shuō)出一年前的愿望，可是螢一卻忘了當(dāng)時(shí)所說(shuō)的話。
　　到底當(dāng)時(shí)螢一許下了什么愿望，他與貝璐丹蒂的幸福生活還能否繼續(xù)？為了明天的幸福，今天一定要想起當(dāng)時(shí)許下的心愿。
　　根據(jù)藤島康介同名漫畫改編的TV版動(dòng)畫第2季。

　　1999年，由于數(shù)碼世界資料異常增生，導(dǎo)致數(shù)碼世界和現(xiàn)實(shí)世界的連接發(fā)生紊亂。地球上相應(yīng)地出現(xiàn)奇怪的自然現(xiàn)象：東南亞沒(méi)有下雨，池塘全部干涸；中東卻因?yàn)檫B場(chǎng)大雨發(fā)生洪水；美國(guó)則遇到有史以來(lái)最寒冷的冬天。
　　11歲的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（風(fēng)間勇刀 配音）、武之內(nèi)空（水谷優(yōu)子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田愛(ài) 配音）、城戶丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起參加了夏令營(yíng)，一次意外卻被神秘地送到了一個(gè)多彩的數(shù)碼世界。在那里，他們得到了叫做“數(shù)碼寶貝”的搭檔。進(jìn)入數(shù)碼世界后，八神太一一行人遇到了兇惡的怪獸貝殼獸，眼看大家都要被抓住的時(shí)候，太一的亞古獸忽然進(jìn)化成為暴龍獸，拯救了他們。進(jìn)化到底是怎么回事情？數(shù)碼世界究竟是什么？無(wú)數(shù)的謎團(tuán)出現(xiàn)在被召選的小朋友們面前，精彩的冒險(xiǎn)就這樣開(kāi)始了……

故事發(fā)生于位于本州南部的一座孤島之上，從前，這里是一片熱鬧的景象，直到有一天，一個(gè)大企業(yè)買下了島上的大部分地皮，準(zhǔn)備在這里建造工廠，很多居民因此而選擇了搬家，漸漸的，小島變得又冷青又荒蕪。星野航（中村悠一 配音）是在島上學(xué)習(xí)生活的高中二年級(jí)男生，某日，他所在的學(xué)校里轉(zhuǎn)來(lái)了一位名叫澤城凜奈（河合春華 配音）的女生。對(duì)于這個(gè)人員不斷流失的小島來(lái)說(shuō)，新鮮血液的加入是一件多么新奇的事情啊！澤城凜奈究竟為什么會(huì)從熱鬧的大城市轉(zhuǎn)學(xué)來(lái)到這座蕭條的學(xué)校里呢？沒(méi)過(guò)多久，澤城就交到了羽山海己（石川乃奈 配音）、淺倉(cāng)奈緒子（筱崎雙葉 配音）、六條宮穂（草柳順子 配音）等好友。

在艾倫他們居住的帕拉迪島之外，還存在一個(gè)其他人類居住的世界。當(dāng)中一個(gè)國(guó)家「瑪雷」與其他各國(guó)爆發(fā)戰(zhàn)爭(zhēng)。陷入苦戰(zhàn)之際，他們決定要攻進(jìn)帕拉迪島，把「始祖的巨人」搶過(guò)來(lái)。在這里又看到另一群孩子們拼命求生存的身影……