故事發(fā)生在一個圖騰崇拜的時代，這是一片充滿神秘色彩的遠(yuǎn)古大陸，這里有著各式各 樣的生物與原始部落。圖騰戰(zhàn)士是這個世界里最受人尊崇的職業(yè)。他們擁有超越常人的力量與智慧，他們有著堅毅的信仰，他們用各自的方式與力量守護(hù)著自己的部落。主人公小魚便是在這樣的環(huán)境下成長起來的，即使自身條件不足，卻仍以成為圖騰戰(zhàn)士為目標(biāo)。在一次陰差陽錯中，小魚竟擊敗了一只劍齒熊；也正是憑借著這樣的運(yùn)氣，他開始了自己的圖騰戰(zhàn)士之路……

時值19世紀(jì)末，大不列顛盛世的倫敦——

　　在德川幕府時代，日本幕府統(tǒng)治開始走向沒落，對農(nóng)民的壓迫也空前慘烈，其時又有西方宗教傳入日本，忍無可忍之下，暴發(fā)了農(nóng)民起義，許多天主教農(nóng)民揭竿而起反對幕府的統(tǒng)治，史稱“島原之亂”，轟動了整個日本，大大地沖擊了當(dāng)時的當(dāng)權(quán)者。
　　當(dāng)時的起義在1638年暴發(fā)，以妖異少年天草四郎為首的天主教徒，聚集農(nóng)民和天主教徒三萬七千余人發(fā)動了起義，攻擊德川幕府的各地政權(quán)。起義軍開始時勢如破竹，連連擊敗幕府軍隊，攻下了幾座城池，而且影響越來越大，參加進(jìn)來的農(nóng)民逐漸增多。德川幕府緊急調(diào)動各地諸侯的兵力十二萬鎮(zhèn)壓起義農(nóng)民，起義軍和幕府諸侯軍隊血戰(zhàn)3個多月后終因寡不敵眾而失敗，起義軍領(lǐng)袖、年青的天主教徒天草四郎也被幕府軍隊抓獲，被判斬首示眾，他死前卻大聲疾呼：我將像天主基督一樣復(fù)活！
　　這個事件過去不久，天草四郎卻真的復(fù)活了！負(fù)責(zé)保護(hù)幕府政權(quán)的是武林世家柳生家族，他們堅守自己的職責(zé)和天草四郎展開了或大或小的戰(zhàn)斗。其中，武林家族柳生派的第一高手是柳生十兵衛(wèi)，他的家族武術(shù)淵源甚深，對劍術(shù)尤其精湛，而天草四郎則不斷鍛煉妖異魔法，也具備常人無法企及的法力，他們兩人都感受到了對方的威脅，正邪激戰(zhàn)一觸即發(fā)……
　　故事中天草四郎以妖術(shù)打開地獄之門，召喚宮本武藏、荒木又右衛(wèi)門、寶藏院胤舜等歷代豪杰的鬼魂從魔界復(fù)活，企圖毀滅德川政權(quán)，與知名劍豪柳生十兵衛(wèi)，展開一場鬼哭神號的正邪對決。

小忍是私立忍者學(xué)園女忍學(xué)科的女學(xué)生。忍者學(xué)園是一所專門培養(yǎng)忍者的秘密學(xué)校，禁止外部人員進(jìn)出。

小忍在這里以成為出色的正義忍者為目標(biāo)，日以繼夜的修煉，但是對于到底什么是忍者還并不了解。某天，小忍參加了測試忍者實力的考試。從眾多的題目中，小忍抽到了偷取女子高中生內(nèi)衣的挑戰(zhàn)。于是，小忍進(jìn)入了不知火楓的房間。從那天起，小忍就變得非常喜歡楓，一幕輕松有趣的忍者喜劇上演了…

忍是＂私立忍者學(xué)園＂忍者學(xué)部女忍者學(xué)科的學(xué)生。這里是立志成為忍者的學(xué)生修煉的秘密學(xué)校，外人不準(zhǔn)入內(nèi)。某天，忍要參加考試，她從眾多試題中選到的是——＂去偷女高中生的小褲褲，其對象正是不知火楓，因為這件事，忍和楓成為了知心朋友。