警方為應(yīng)付未確認(rèn)生命體而開(kāi)發(fā)了G3系統(tǒng)，這套G3系統(tǒng)是根據(jù)未確認(rèn)生命體4號(hào)即幪面超人古迦的力量而設(shè)計(jì)出來(lái)，裝著員是一位叫冰川誠(chéng)的警員，為人真誠(chéng)但略為粗獷。警方另一部門(mén)在荒島上發(fā)現(xiàn)了古代文明，並進(jìn)行解碼。當(dāng)未確認(rèn)生命體再次出現(xiàn)，連G3也不是其對(duì)手時(shí)，神秘的金色幪面超人亞極陀登場(chǎng)，這個(gè)幪面超人是一位失憶的青年津上翔一變身，起初因未能控制而襲擊G3。
翔一暫住在美杉義彥的家，認(rèn)識(shí)了擁有超能力的風(fēng)谷真魚(yú)，真魚(yú)更幫助翔一四出尋找他失去的記憶，並遇上葦原涼。涼在父親的遺物中，發(fā)現(xiàn)一本記事薄，當(dāng)中提及之姓名卻無(wú)人知曉，查探父親死因後，竟發(fā)現(xiàn)自己是另一個(gè)幪面超人－磯烙使。磯烙使是不完整的亞極陀，所以當(dāng)涼變身磯烙使後會(huì)出現(xiàn)後遺証。有次他相當(dāng)危險(xiǎn)，幸得因超古代文明遺傳因子而誕生的青年所救。之後出現(xiàn)的未確認(rèn)生命體也相繼被翔一，涼以及誠(chéng)所打敗。
後來(lái)，涼誤會(huì)女朋友是被亞極陀所殺，造成磯烙使與亞極陀對(duì)峙的局面。又因亞極陀多次拯救G3，G3加入戰(zhàn)團(tuán)對(duì)付磯烙使。可惜G3聯(lián)手亞極陀未敵磯烙使，警方有見(jiàn)及此更厲害的武器－G3-X。在G3-X和亞極陀合作下，未確認(rèn)生命體雖然愈來(lái)愈厲害，但也被擊倒。
第三個(gè)幪面超人是由木野薰變身，他雖然會(huì)優(yōu)先對(duì)付未確認(rèn)生命體，但亦會(huì)對(duì)付磯烙使和亞極陀，因他認(rèn)為世上有他就夠了。後來(lái)他被強(qiáng)化了的磯烙使所敗，又被涼所救而作出改變。
原來(lái)謎的青年是遠(yuǎn)古使用闇力量的創(chuàng)造主，他今次派出水的精靈對(duì)付三個(gè)幪面超人及G3，起初四人不敵，但翔一打破恐懼，令亞極陀的力量再上一層，再合四人之力，將他打敗。
在警方和真魚(yú)的調(diào)查下發(fā)現(xiàn)翔一的姐姐木雪菜也曾經(jīng)變成亞極陀，而其他擁有超能力的人最終也會(huì)變成亞極陀，真魚(yú)更發(fā)現(xiàn)她的父親的死和亞極陀有關(guān)而疏離翔一。這時(shí)闇的創(chuàng)造主親自出擊，要收回翔一等的力量。更決定殺盡所有人類(lèi)，以免有更多的亞極陀誕生。他派出風(fēng)、地、水三精靈，翔一、涼和誠(chéng)的最後一戰(zhàn)在此展開(kāi)。
