長相可愛個性爽朗的獅堂光（椎名碧流 配音）、心思細(xì)膩溫柔高貴的大小姐龍崎海（吉田古奈美 配音）、智勇雙全成熟穩(wěn)重的鳳凰寺風(fēng)（笠原弘子 配音），命運(yùn)讓這三名個性迥異的女孩相遇了，她們被選中成為了魔法騎士，前往瀕臨崩潰的錫菲羅，拯救那里的居民于水火之中。支撐著錫菲羅的支柱是名叫艾美諾（緒方惠美 配音）的公主，她為了這個城市而生，為了這個城市而活，通過虔誠的祈禱，艾美諾保佑著錫菲羅。然而，艾美諾卻愛上了她的神官謝加圖（小杉十郎太 配音），因此而無法集中精神祈禱，錫菲羅因此而遇到了前所未有的危機(jī)，解決危機(jī)的方法只有一個，那就是殺掉艾美諾。

阿兔她們已經(jīng)升上高中了，阿兔、亞美、真琴、美奈子同考入十番高中。被封印在鏡中的死亡月亮納美妮亞女王，被一把神秘的聲音喚醒，那人替她解除封印，并煽動她的仇恨情緒，使她對美少女戰(zhàn)士作出報復(fù)。她派出鏡之舞孃襲擊戰(zhàn)士們，并藉流星雨把鏡之碎片植入阿衛(wèi)的身體內(nèi)，慢慢控制阿衛(wèi)。為了應(yīng)付此一危機(jī)，雪奈復(fù)活并從土萌教授那里接回阿螢，去找阿遙和美智留，再次加入戰(zhàn)斗。鏡之舞孃襲擊外部戰(zhàn)士四人，仍是嬰兒的阿螢被激發(fā)出力量，幫助其餘三位外部戰(zhàn)士變成為SuperSailorUranus、SuperSailorNeptune和SuperSailorPluto。阿螢經(jīng)此一役，身體和心智迅速成長，并再度醒覺，成為SuperSailorSaturn。所有美少女戰(zhàn)士齊集，集合力量使阿兔變成終極形態(tài)Eternal Sailormoon。眾人擔(dān)心阿衛(wèi)，趕到他家時，他已被納美妮亞控制，帶走了。阿衛(wèi)因?yàn)槭ケ拘?，不再愛阿兔，令他們的愛情結(jié)晶豆釘兔也慢慢消失。本來要變成Eternal Sailormoon是要靠眾人之力的，但阿兔救阿衛(wèi)和豆釘兔心切，竟能獨(dú)自變成Eternal Sailormoon，自己一個去納美妮亞那里救人。其他戰(zhàn)士也跟著追去，其間被納美妮亞把她們分開，各個擊破，封印在鏡中。阿兔終於找到納美妮亞和迷迷糊糊的阿衛(wèi)，SuperSailorChibimoon就在阿兔的懷內(nèi)消失。納美妮亞訴說自己悲慘的過去，阿兔聽了，只感到同情、可憐她，不再憎恨她，愿意讓她報復(fù)，阿兔相信眾人都會愿意和納美妮亞做朋友的。被封印的眾戰(zhàn)士和阿衛(wèi)都感動落淚，所有的封印解除，SuperSailorChibimoon亦重現(xiàn)世上。眾戰(zhàn)士集合力量，阿兔變成Eternal Sailormoon，引導(dǎo)納美妮亞找回她真正的夢想。

4年了，距離那場私人武裝組織——天人與人類聯(lián)盟軍的決戰(zhàn)過去4年了。天人組織消失了，世界從3個巨大的國家聯(lián)盟統(tǒng)一為一個聯(lián)合政府，世界已經(jīng)統(tǒng)一。但是，這只是表象。表面的政治統(tǒng)一，但軍方秘密組織A-LAWS在暗中從事武裝鎮(zhèn)壓，鎮(zhèn)壓所有反對聯(lián)合政府的組織與團(tuán)體。這樣的世界，沒有改變。人類依然沒有從戰(zhàn)爭、紛爭、矛盾之中解脫出來。天人組織再次回歸！高達(dá)駕駛員剎那?F?清英駕駛新型號的機(jī)器人——高達(dá)00再次武力介入。這次，天人組織要面對的不僅是A-LAWS的機(jī)動戰(zhàn)士部隊(duì)，還有神秘組織變革者——其首領(lǐng)里馮茲正在計劃一個更大的陰謀！《機(jī)動戰(zhàn)士高達(dá)00》系列動畫片第2季。