《打黑重案組》故事發(fā)生在南方市，當(dāng)?shù)氐墓簿执蚝谥匕附M遭遇到一樁棘手案件。在破案過程中，重案組受到各種各樣的阻撓，案件偵破幾度中斷。但公安局長和乾警們不為困難所阻，不顧自己和家人所遭受的苦痛，堅(jiān)持調(diào)查最終查清案情，一舉打掉了南方市的黑惡組織。2006年初秋，濱州市、香港喬氏地產(chǎn)公司駐濱州市項(xiàng)目代表鄭天京被人在住所謀殺，他的尸體當(dāng)晚被埋進(jìn)了工地垃圾堆中……市公安局長陸嘯天(盧奇飾)命刑警支隊(duì)重案組長劉英來(祝延平飾)率重案組成員姚晃(吳樾飾)、依蔓(李依蔓飾)和飛飛(馬丁諾飾)趕到案發(fā)現(xiàn)場投入偵查工作。重案組嚴(yán)格對(duì)死者死亡時(shí)間保密，發(fā)現(xiàn)死者與龍心集團(tuán)董事長張偉及其部屬有密切聯(lián)系。張偉出身黑社會(huì)團(tuán)伙，掌控濱州市黑白兩道……同時(shí)，被劉英杰逮捕的殺手大腳(李槐龍飾)從服刑地新疆脫逃，潛回濱州市，被老大張偉窩藏起來。大腳仇視劉英杰，打算干掉劉英杰……重案組民警李曉(于齡童飾)和派出所民警聯(lián)手捉拿大腳，大腳老奸巨滑溜掉。張偉得知大腳出外生事，將他訓(xùn)斥一頓，命他在密室上網(wǎng)，不準(zhǔn)外出……

一起偶發(fā)的兇殺引出了一樁歷時(shí)數(shù)年手法獨(dú)特的連續(xù)殺人案。瞬間，整個(gè)云港市籠罩在人人自危的恐怖氣氛中。老刑警劉寶生（杜源 飾）請(qǐng)纓擔(dān)任偵破工作，他帶著警員周馬（林熙越 飾）一起請(qǐng)教犯罪心理學(xué)家陳俊威（王志飛 飾），以期獲得罪犯心理特征。最終，他們把懷疑的目光投向因家族利益分爭導(dǎo)制心理扭曲的石隱（祖峰 飾）身上。審訊期間，石隱自相矛盾的供述引起劉寶生的懷疑，不久，石隱在監(jiān)號(hào)中自殺，案件一時(shí)陷入迷局。劉寶生采用瞞天過海計(jì)獨(dú)自外出調(diào)查，很快掌握了嫌疑人的證據(jù)，他就是指導(dǎo)破案的陳俊威。陳面對(duì)指控，坦然承認(rèn)了最后一次作案，數(shù)年前的一系列謀殺一概否認(rèn)。周馬以其人之道還治其人之身，他用陳教他的方法對(duì)其展開了心理攻勢(shì)......