本季描繪重返醫(yī)院的牧野醫(yī)生與升入初中的學生們的新篇章。藤野一希難以適應中學生活，父親突然帶回新母親與妹妹更令其家庭歸屬感崩塌；而順利完成心臟病手術的冴島直明升入新年級，雖立志成為牧野醫(yī)生般的醫(yī)者，內心仍懷不安。此時，一名因病復發(fā)失去求生意志的少女出現在牧野面前。除原作劇情外，本季將新增原創(chuàng)角色故事線。

　　故事始于山王聯合會。以總長眼鏡蛇為首，大和、阿檀、阿鐵等個性十足的成員集結于山王聯合會，幾人的腦海中只有一個念頭，就是守護這個街區(qū)。而在他們幾個守護街區(qū)和平、努力避免不必要的沖突之人面前，出現了一名男子。而事態(tài)則因這名男子發(fā)生了巨大的變化，SWORD的平衡將被打破…

　　中國商人張擁有傳說中的亞歷克斯鉆石，二戰(zhàn)期間從俄羅斯被盜。他打算在慶功宴上把鉆石還給俄羅斯，但這顆鉆石被凱恩偷走了，并得到了他致命而誘人的搭檔布魯斯蒂爾的協助。負責活動安全的機構全力以赴，試圖找回這顆鉆石。槍戰(zhàn)，爆炸，誘惑，致命的遙控直升機，以及大混亂接踵而至。