故事舞臺是在機(jī)動(dòng)戰(zhàn)士高達(dá)中的一年戰(zhàn)爭終結(jié)后七年。戰(zhàn)爭結(jié)束后一部份吉恩公國軍事勢力并未降伏繼續(xù)在各地與地球聯(lián)邦軍發(fā)生軍事沖突，因此地球聯(lián)邦軍內(nèi)部強(qiáng)力主張追殺吉恩殘余份子的激進(jìn)排他勢力泰坦斯（Titans）結(jié)成。由于泰坦斯對宇宙住民的強(qiáng)硬血腥鎮(zhèn)壓的手段，反勢力奧干A.E.U.G.(臺灣翻譯為奧干，港譯為奧古)結(jié)成。故事的開始于宇宙世紀(jì)0087年（U.C. 0087），前半主要圍繞奧干和泰坦斯兩派系的對抗，中段吉恩殘余份子上阿克西斯(港譯為阿古捷斯)登場，與奧干、泰坦斯角力周周旋，展開激戰(zhàn)。

　　每當(dāng)黑暗污染這片大地時(shí)，一群正義勇敢的少年便會挺身而出，他們環(huán)繞在雅典娜的周圍，與世間邪惡展開殊死搏斗。一代又一代，雅典娜的圣斗士們從未退卻。當(dāng)星矢、紫龍等圣斗士經(jīng)歷了無數(shù)的磨難與考驗(yàn)后，新一代的圣斗士也相繼成長起來。他們分別是天馬星座光牙（綠川光 配音）、幼獅星座蒼摩（小西克幸 配音）、天鷹星座尤娜（雪野五月 配音）、天龍星座龍峰（柿原徹也 配音）、豺狼星座榮斗（柿原徹也 配音）等人。與此同時(shí)，蘊(yùn)藏著黑暗小宇宙的邪惡戰(zhàn)神瑪爾斯（柴田秀勝 配音）率領(lǐng)斗士火星士向和平的大地逼近。圣斗士的內(nèi)戰(zhàn)再次掀起，而正義的戰(zhàn)士們也面臨著新的挑戰(zhàn)……
　　本片依據(jù)日本著名漫畫家車田正美的經(jīng)典原著改編

　　この世とあの世の間、三途の川に棲む妖怪、外道衆(zhòng)。代々外道衆(zhòng)と戦ってきた侍?志葉家の當(dāng)主、シンケンレッドこと志葉丈瑠は、日々外道衆(zhòng)の尖兵?ナナシ連中と戦いを繰り広げていた。外道衆(zhòng)の更なる侵攻の気配を感じ取った志葉家の従者?日下部彥馬は、丈瑠に対し外道衆(zhòng)と戦うための家臣を集めることを進(jìn)言するが、丈瑠は現(xiàn)代の世に殿様として他者の上に立つことへの不快感から、これを拒絶する。
　　そんなある日、ついに外道衆(zhòng)の幹部たちが目覚め、この世への本格的な襲撃が始まる。機(jī)が熟したと見た彥馬は、獨(dú)斷で志葉家家臣が育て上げた4人の若者を招集。丈瑠も渋々ながら彼らを仲間にすることを承諾し、シンケンジャーと外道衆(zhòng)の永き戦いが始まった。

　　シリーズの基礎(chǔ)となる最初に製作されたOVAシリーズ。 第三期は2003年 - 2005年に製作された。VAP?日本テレビに移籍後に制作された。全6巻+1巻。
　　封印されていた鬼、魎呼を復(fù)活させ、様々な事情で地球にやってきた宇宙人たちに振り回される日々を過ごす天地だったが、今度は樹雷王國の力の謎を解き明かそうとする悪の科學(xué)者?神我人の陰謀に巻き込まれていく…

　　小兔她們現(xiàn)在已經(jīng)升上初三了，戰(zhàn)士們?yōu)榱丝忌细咧校M織了一個(gè)讀書會，一起到小麗家中溫習(xí)。素來有靈力的小麗做了一個(gè)怪夢，夢見救世主出現(xiàn)，世界毀滅，令她很擔(dān)心。新的敵人死亡變種開始利用心魔，四處找尋擁有“純真之心”的人，而那顆純真之心即是塔利斯曼，集齊三粒塔利斯曼，傳說中擁有極強(qiáng)大力量的圣杯就會出現(xiàn)。首先被心魔襲擊的人就是小麗，其它戰(zhàn)士想救她，但這次的敵人太強(qiáng)，眾人不敵。突然有兩位神秘的新戰(zhàn)士出現(xiàn)，消滅心魔，她們的目的也是找尋心能水晶。小兔和小衛(wèi)的愛產(chǎn)生了新的月棱鏡，小兔獲得更強(qiáng)大的新力量，對抗逼近的新敵人。阿兔她們認(rèn)識了兩個(gè)讀無限學(xué)園高中一年級的新朋友 -- 打扮像男生的天才賽車手天王遙和高貴優(yōu)雅的小提琴家海王滿，眾人都被她倆的風(fēng)采迷倒了。神秘的新戰(zhàn)士正式登場，原來是水手服戰(zhàn)士水手天王星和水手海王星，不過她們的力量比內(nèi)部戰(zhàn)士強(qiáng)，而作戰(zhàn)方式也很不同。轉(zhuǎn)眼來到六月，小兔的生日到了，她想要一對玻璃鞋作生日禮物，小衛(wèi)竟然不知道小兔快生日了，氣得小兔摑了他一記耳光。在眾人的提點(diǎn)下，小衛(wèi)跑去買了那對玻璃鞋，小兔也去找小衛(wèi)道歉。兩人在街上相遇，小衛(wèi)替小兔穿上玻璃鞋，心魔卻在此時(shí)出現(xiàn)，要奪走小兔的純真之心。混亂中，敵人嘉安莉蘭特拾到小兔的月棱鏡，知道小兔的真正身份，她捉住夜禮服假面，要脅小兔。小兔來到東京鐵塔，為救小衛(wèi)正準(zhǔn)備交出純真之心，水手天王星和水手海王星出現(xiàn)救了她。嘉安莉蘭特揭穿小兔就是水手月亮，眾人正驚訝，水手金星假扮水手月亮和其余戰(zhàn)士出現(xiàn)，騙倒嘉安莉蘭特。嘉安莉蘭特攻擊水手天王星和水手海王星，水手月亮說服大家齊心協(xié)力，拯救她們兩人，終于戰(zhàn)勝了嘉安莉蘭特。
　　小小兔從未來回到現(xiàn)代，說是新倩妮迪女王要她來這里修煉。內(nèi)部戰(zhàn)士中，現(xiàn)在只剩美奈子從未成為心魔目標(biāo)，她為了證明自己也擁有純真之心，于是不斷捐血，希望成為心魔目標(biāo)。她的舉動(dòng)令眾人擔(dān)心不已，連小遙和小滿也留意著她。終于心魔出現(xiàn)，取出美奈子的內(nèi)心結(jié)晶，有驚人意志的美奈子竟然抱著自己的內(nèi)心結(jié)晶跑到無人的地下停車場，小兔、小遙和小滿追著她來到停車場，然后心魔就把各出入口封閉了。阿兔為救美奈子，被逼在敵人尤迪愛和小遙、小滿面前變身，不過她仍不敵心魔。眼看美奈子的內(nèi)心結(jié)晶要被拿走，小遙和小滿也忍不住變身，成為水手天王星和水手海王星，救回美奈子。其它戰(zhàn)士已到門外，尤迪愛以美奈子的性命作要脅，正要攻擊時(shí)，美奈子也變身了，于是所有人的身份都暴露了。尤迪愛找到擁有心能水晶的人，于是約小遙和小滿到水上大教堂。教堂內(nèi)，尤迪愛捉住水手海王星，把她打到重傷，并取出她的內(nèi)心結(jié)晶，第一粒塔利斯曼出現(xiàn)，再變成深海鏡，水手海王星倒下。水手天王星把自己的塔利斯曼--宇宙劍取出，交給趕到的水手月亮后，也倒下了。尤迪愛搶走深海鏡和宇宙劍，并攻擊水手月亮。神秘女子冥王雪奈突然出現(xiàn)，變身成水手冥王星，用第三粒心能水晶 -- 權(quán)杖上的寶石拿回宇宙劍和深海鏡，塔利斯曼再次回到水手天王星和水手海王星的身體，三人的力量令圣杯出現(xiàn)。水手月亮和尤迪愛去搶圣杯，水手月亮奪得圣杯，進(jìn)行二段變身，輕易就打敗了尤迪愛。
　　敵人和外部戰(zhàn)士都發(fā)現(xiàn)水手月亮不是救世主，于是外部三戰(zhàn)士的新任務(wù)就是要找出救世主。戰(zhàn)士們認(rèn)識了土萌螢，她是無限學(xué)園教授土萌創(chuàng)一的女兒，身體不好。土萌教授其實(shí)是死亡變種的高級干部，而無限學(xué)園就是死亡變種的大本營。小螢的身體好像有另一個(gè)人一樣，常常不受控制，說出一些奇怪的話，又擁有醫(yī)治創(chuàng)傷的神秘力量。小小兔和小螢非常要好，內(nèi)部戰(zhàn)士們也贊成她們做朋友，只是外部戰(zhàn)士對小螢的力量存有懷疑。在一次戰(zhàn)斗中，心魔的攻擊打中小螢，小螢的額頭上出現(xiàn)土星標(biāo)記，證實(shí)了她就是毀滅戰(zhàn)士水手土星。外部戰(zhàn)士怕她會毀滅世界，想阻止她覺醒，但已經(jīng)太遲了，她的身體已被死亡變種占據(jù)，吞下了小小兔的內(nèi)心結(jié)晶后，變成了女主人9。一連串的事件，指出了無限學(xué)園就是死亡變種總部，眾人于是向無限學(xué)園進(jìn)發(fā)，迎戰(zhàn)逼近的黑暗……